A nationwide genomic study shows that while Salmonella Dublin looks genetically uniform, it hides powerful resistance traits that threaten cattle, people, and the food supply alike.
研究：美国牛和人体内都柏林沙门氏菌的基因组进化。图片来源：Parilov/Shutterstock.com
食源性病原体都柏林显示日益增加的抗微生物药物耐药性（AMR）。它还在美国的食物链中蔓延，危及食品安全，威胁食品安全。最近发表的一篇论文探讨了生物监测数据。都柏林人了解它在不同的人类和非人类宿主中是如何变化的。
介绍
都柏林是一种人畜共患微生物，已经很好地适应了牛。它会污染人类的食物链，并可能导致牛和动物患上严重疾病。它的学名是subsp。servar都柏林；都柏林)。它是从临床提交的牛病例中获得的最常见毒株，也是从非临床提交的牛病例中获得的第二常见毒株，而不是所有临床感染。
都柏林病毒主要通过粪口途径感染其他牛或人，但也可以通过唾液或牛奶传播。受感染的小牛病情严重。很高比例的人患上败血症和呼吸系统疾病，导致死亡。幸存者可能成为健康的携带者，并在以后的生活中间隔一段时间排出微生物。
成熟牛在感染后发生胃肠炎，减少泌乳量。同样，它们经常成为健康的携带者，其脱落率随生理、环境和疾病相关因素而变化。它们的幼崽更有可能被感染并患上败血症。
美国是世界上最大的牛肉生产国，也是世界三大主要乳制品生产国之一。因此，都柏林对乳制品和牛肉生产的影响是有据可查的。
生牛奶、软奶酪和受污染的牛肉是都柏林食源性疫情暴发和与受感染牛接触的主要来源。它对兽医和养牛工人构成职业危害。与其他血清型相比，都柏林病毒感染更严重，需要住院治疗的次数更多，而且更有可能导致需要住院治疗的疾病。
抗菌素耐药性（AMR）和多重耐药性（MDR）增强了都柏林感染的严重程度，使其对环丙沙星等氟喹喹诺酮类药物或头孢曲松等头孢菌素产生耐药性。国家抗菌素耐药性监测系统（NARMS）监测美国各地已知感染人类的这种和其他病原体的AMR，特别是使用全基因组序列（WGS）技术。
这产生了大量可公开获得的数据，这些数据提供了按物种、地区或时间段（单独或组合）了解抗菌素耐药性流行或上升的见解。目前的研究集中在。都柏林AMR和毒力使用同一健康框架内的公共基因组数据。
关于研究
该研究包括2002年至2023年间从美国各地收集的2150株都柏林菌株的数据。大约580例来自受感染的牛，664例来自受感染的人，但大多数来自环境来源。研究人员随后分析了基因组，特别是质粒、毒力因子和抗菌素耐药性基因。他们使用单核苷酸多态性（SNP）差异来评估系统发育关系，以比较基因组。
研究 findings
牛、人类和环境样品显示出不同的特征，显示出AMR潜力和基因组构成的差异。有116个基因决定了细菌毒力的各个方面。这些基因中的大多数（99个）存在于99%或更多的菌株中。
在鉴定的49个独特基因中，每个菌株存在1-10个抗生素抗性基因。大多数对特定药物产生抗药性，少数对铜或金等金属产生抗药性，还有两种对杀菌剂产生抗药性。几乎所有菌株都有两个共同的基因。
AMR患病率
有趣的是，与全球情况不同，S. Dublin在美国显示出更高的抗菌素耐药性潜力，特别是在从临床感染牛收集的牛样本中。
。来自公开感染牛的都柏林菌株具有各种药物特异性AMR基因的最高流行率。这包括对一种用于治疗儿童和小牛侵袭性和严重疾病的关键头孢菌素类的耐药性。这些样本还经常显示出对氟苯尼考的耐药性，氟苯尼考是用于治疗小牛肺炎的药物。
喹喹诺酮类药物耐药性在环境菌株中最为普遍，可能与食品供应链污染和间接选择压力有关，但不直接归因于成人药物使用。
