基因表达数据标准化设想

【字体: 时间:2001年12月31日 来源:

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    DNA微点阵已广泛和流行的用于疾病诊断、基因组比较、以及新型癌症的分类。最近几年以来,已发布大量的数据。针对这些信息的多样性,研究者建议对基因表达的数据(即对数以千计的基因何时开放或关闭的记载和报道)进行标准化,以便这些数据更易于被全世界的研究者共享,通译以及验证。
   
    这项计划是一项被描述为“草根运动”的工作,研究者为基因表达数据库(MGED)小组,参与者为高校、政府和企业的研究人员以及微点阵和生物信息学方面的专家。该小组成立于1999年,已就建立共同标准这一主题召开了三次全体会议。
   
    研究者在Nature Genetics 发布的文章中解释道,该计划的目的不是为了给大家强加一个特殊的解决方案,而是要就微点阵数据的共享建立一个基于基础下层组织的广泛的、一致的理解。他们已经建立一个e-mail讨论区来促进广泛的意见交换。
   
    他们认为,由于表达数据只有和实验过程联系在一起才有意义,所以需要一个统一的标准。例如,要从乳腺癌组织表达图谱中得出某些结论,你必须得知道供体的遗传背景以及其所处的疾病期。
   
    就算有实验过程相关的详细资料,要比较来自不同实验的表达数据还是很困难的。微点阵或基因芯片目前还不能检测目标单位中的基因表达水平,大多只能测出基因表达的相对改变。而且,市面上有很多类型的DNA微点阵,实验室也会建立他们自己的习惯性工具,这就导致了数据的不一致性。
   
    就这项计划的实施,研究者还写道,是要求数据提供者对实验进行细节的详尽描述还是只要保证数据的注解可确保数据对普通的研究团体有用,他们已致力于寻找一个折中的方案。这项计划牵涉到实验过程中六个部分的细节,包括实验设计、点阵设计、样品、杂交、检测和标准化控制。
   
    他们相信,这些标准的采用有助于促进微点阵数据库的建立。微点阵基因表达数据库小组计划2002年2月在麻萨诸塞州的波士顿召开第四次全体会议。
   
    摘自:基因潮
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