生物信息学相关公司（三）

The Institute for Genomic Research

 
技术

Institute for Genomic Research是一家非盈利性的研究机构，致力于病毒、真菌、致病细菌、真核生物（动物植物，包括人在内）基因组的结构、功能、和比较分析，还进行其中基因产品的开发。该研究所有一个大型的DNA测序实验室，拥有进行生物信息学、生物化学和分子生物学研究的先进的设备。


Institute for Genomic Research有选择的向科学界开放了一批软件，供非盈利性的机构在其非商业性的研究中使用。


Millennium Pharmaceuticals, Inc.


技术

Millennium Pharmaceuticals开发其专有的信息学工具，用于数据分析和信息的产生。Millennium的业务包括新基因的鉴定、测序、绘图、功能鉴定等多个步骤的技术服务。Millennium的生物信息业务可鉴定与常见病相关的基因，并确定它们在疾病发生和发展中扮演的角色。


Millennium在以下方面建立了其专有的技术：表达谱、基因图谱、定位克隆、生化测试、细胞学测试、转基因剔除模型等为其新药开发平台服务的方面。ExplorerTM是用于获取、存储、分析大量高通量的DNA序列数据的软件包


NetGenetics, Inc.


技术

NetGenics开发和配置企业规模的信息技术方案，用于加速药物开发的进程。对于清楚的知道药物的治病机理、各个有效成分在疾病的进程中所发挥的作用的制药学来说，药物开发仅仅是最开始的阶段。NetGenics的技术路线帮助科学家有效的处理不断增长的、用于药物开发的生物和化学数据。

NetGenics为制药学研究信息的处理提供全面支持的软件和服务，SYNERGYTM的软件是为研究机构设计用于在企业规模的信息系统中整合专有的、已存在的、得到许可的系统。SYNERGYTM的服务通过外源系统的管理、软件开发、终端用户支持功能的介入，而拓宽了研究部门的能力。


SYNERGYTM是以计算为基础的公司组成部分，提供药物开发信息学中的有效服务。他灵活的框架结构可以适应客户各种细致的要求：从内部的技术参谋到为公司研究发展提供特殊的、具有竞争性的方案。SYNERGYTM在当今全球性制药合作的体系中，推动了企业规模的研究合作。通过提供单个的，团队结构的用户界面，SYNERGYTM允许研究人员即时地在不同的地方可以共享项目的信息和发现。


SYNERGYTM的网络框架将科学领域内外的分析的数据形式和软件工具有机的连接起来，跨领域的整合可以是生物和化学过程间的联系更容易理解，加速了新的候选药物的发现。SYNERGYTM最新的公布包括了DNA和蛋白序列分析的工具。正在发胀中的产品将把药物开发、序列数据中的信息和化学信息相整合。


制药学研究中需要整合的、灵活的、易于支持的计算系统，NetGenics的SYNERGYTM网络框架提供了独立的Java平台，SYNERGYTM的CORBA服务器提供了不同的程序和数据可以进行交流的环境。这个体系的结果便是软件和数据完美的整合，可以通过普通的客户终端面向科学家。有了SYNERGYTM，科学家可以方便的进行计算机操作，而不需要考虑其操作系统或是程序语言。


NetGenics将其软件和协作工程服务、终端用户和开发者、24小时使用帮助（由NetGenics科研领域的专家和计算机方面的专家组成）联合在一起。



Oxford GlycoSciences



技术

Oxford GlycoSciences是以蛋白质基因组为基础的数据库开发公司，蛋白质基因组学是研究正常和疾病细胞中蛋白质的表达差异，以新的药物位点开发或是疾病的分子标记为目的而将基因序列同基因功能相联系。


OGS的蛋白质基因组能力体现在它新颖的专有的ProteoGraphTM和ROSETTATM技术上，这些技术提供了直接的蛋白确定和测序能力，从而将基因、蛋白、和疾病过程相联系。


对每一个样品，OGS利用ROSETTATM软件在数据库中记录它所有的来源信息，可以通过其唯一的条形码进行检索。然后这些样品被分解成他们的组成蛋白，以数码图像的形式将其蛋白表达图谱得到。OGS利用这些数码图像可以自动的进行大量疾病和参照样品的比较，从统计学的角度获得大量蛋白中存在的显著差异。这个过程的结果可以通过ROSETTATM软件用图表的形式显示。蛋白质的确定过程是高度自动化的，感兴趣的蛋白被分离，打断成许多的肽段。单个片断的氨基酸序列被测定以后，通过专有的程序（是ROSETTATM软件的组成部分）同蛋白质和基因组数据库进行比较。没有被确定的氨基酸序列被重新测定。



Oxford Molecular Group


技术

Oxford Molecular为化学制药的开发研究和生物技术研究者研制开发软件工具，已开发的软件产品种类有：生物信息学方面、桌面化学处理系统、分子模型方面、毒物学、化学数据库以及企业规模的数据处理系统。


Oxford Molecular的生物信息学产品如下：AcM是为与人体免疫系统相适应的人体抗体而设的一系列程序。BIONET是通向高性能计算机上强大的序列分析和数据库搜索工具的在现服务。Chameleon是一种3D的序列队列模拟系统，提供了序列和结构之间的动态显示。GENESEQ是一种内含超过200，000中非专利的DNA和蛋白序列的数据库，MacVectorTM和AssemblyLIGNTM通过通向Entrez数据库的网上途径进行DNA和蛋白序列数据的操作，MPSRCH是在MasPar大型并行计算机上配合高通量DNA和蛋白搜索工具Smith-Waterman程序运用而设立的，OMIGA是一种覆盖了所有序列分析中问题工具：多重alignments分析、motif扫描等等。SPS Cross_Match软件用于提高两组DNA或是蛋白序列的比较速度。SPS Phrap利用标准的硬件设备提高汇集能力，SPS SWAT利用标准硬件提高多重序列分析能力。Wisconsin是用于企业规模的序列分析和数据库处理的综合性标准数据库软件包。


Oxford Molecular的化学信息学产品如下：RS3 Discovery允许化学结构的储存、搜索和重建，RS3 HTS是对高产量的测试试验的数据进行储存和分析的工具，CSAPTM是一种高工量的易用的测试工具，用于组织微型板、程序、测试数据、化学成分和数据分析。Chemical Information System是通向30多个重要化学和环境学数据库的在线服务，DIVA可以将电子数据表模型的成千行的化学结构和特性信息的数据，进行可视化和进一步分析。Kekul是一种分子绘制程序，通过与ISIS, ChemDrawTM和其他通用程序的简单整合，可以与扫描仪一起用于将打印的文件转化成计算机可读的电子模型。

Pangea Systems, Inc.



技术

Pangea系统为开发生物制药工业药物开发中的生物信息学工具、数据库以及服务。Pangea配合常规的方法进行研究项目的跟踪、大量科学数据的自动化分析和评注、从大量的来源中整合进新的和已存在的数据。Pangea的应用软件和数据设置能够作为独立的项目或是完全互相整合或是与客户已有的程序相整合。Pangea的程序与所有的计算机平台都兼容，与工业标准的软件和数据库流畅的执行，程序的操作能够被经过初步培训的职员所掌握。Pangea系统提供了技术产品支持、计划和安装、系统整合、维护和专业的服务及咨询。


Pangea的应用软件对于公开的和私有的数据都有用，GeneMill 2.0作为一种序列克隆库和工作流程管理系统，是为专门的测序实验室设计的。GeneWorld 3.5是自动的、灵活、高通量的应用程序，用于分析和处理DNA和蛋白质的测序数据。

Pangea的计算工具包括：收集和排列工具，用于从表达序列标签和片断序列的信息中重建出全长的基因序列。Pathway工具是用于建立、查询、分析、和拓展综合的传导途径和基因组数据库的。


Paracel, Inc.



技术

Paracel开发和销售以制药、生物技术和政府市场为对象的高效的基因组数据分析系统。Paracel最初建立于1992年，是从TRW派生出来的，公司已从原先的先进的过滤技术发展到数百种高效的硬件系统。


Paracel用于加快基因组数据分析的最新的系统：GeneMatcherTM，是特别为大范围的序列同源搜索而设计的，它运用最灵敏的动态程序运算法则，以惊人的速度进行数据相似性的分析。Paracel的软件产品：BioView ToolkitTM和BioView WorkbenchTM是用户可以方便的在GeneMatcher上从各种网络计算机平台上进行标准的常规搜索。


PE Informatics

 

技术

PE的信息学产业提供了整合的程序方案、服务、情报以加快研究和开发的进程。PE Biosystems是PE公司的生命科学分部，它的建立加快了制药业、诊断学、人的鉴定、食品和环境测定、农业以及基础研究的进展。


BioLIMSTM软件是为ABI PRISM DNA测序仪而编写的，用于进行自动化的数据收集、分析和处理的生物信息学产物。BioMerge是一种多平台的，客户/服务器用于数据分析的信息软件系列，也可以提供集成的公共的和私人的数据。

SQL*GTTM是进行DNA样品追踪的软件程序，利用上游样品和流程的管理来注册样品信息、管理工作流程、产生样品说明页并追踪样品。它同ABI PRISM遗传分析系统相整合，并与其它的PE信息学产品完全兼容。

BioLIMSTM软件是用于遗传数据的收集、自动化的分析、样品分析列表的产生、监控数据的完整性。BioMerge软件是一种下游数据的整合分析工具，用以更新多来源的数据，使数据的分析、分拣和可视成为自动化。

PE Informatics的专业服务部门为客户的需要开发常规的程序，包括：数据库的注册建立、系统的注册、网络协议和项目管理。服务内容包括：现有系统的定点整合，工作流程分析，系统优化，数据迁移，程序管理，系统升级，系统维护，系统定制以及特殊用途程序的开发。


Structural Bioinformatics, Inc.


技术

Structural Bioinformatics Inc. (SBI) 通过缩小基因序列和药物开发间的差距，加快了新药的研发。新药主要成分的开发是运用蛋白质的结构信息在小分子数据库中搜索出潜在的活化组分，它的同源模型和特有的环形法则是基因序列信息产生可能的蛋白结构。然后在SBI专有的DynaPharmTM技术的帮助下，蛋白质的结构特征可以被用来在化学数据库中进行检索。通过同CombiLibTM数据库（容易合成的候选药物数据库）的联合，它为药物主要成分的研发提供了快速有效的方法。


在1999年，SBI将启动它的第一个生物信息学产品：SbdBaseTM，一个疾病基因的蛋白产物的结构及其分析工具的数据库。SbdBase为模型工作者、化学家、和分子生物学家提供了从桌面通向专业的蛋白质模型的途径，并带有其分析工具。



ZymoGenetics, Inc.



技术

它的Biomolecular Informatics Department将数据库分拣、分子建模和核酸化学联合起来，在公开和商业化的数据库的cDNA和基因序列中寻找新的蛋白。蛋白结构的专门技术使得ZymoGenetics的科学家们能够找出有希望成为药物靶位点和药物蛋白的序列，以这些序列作为出发点的一系列研究阐明了这些基因所编码的蛋白的活性、生理角色以及可能的药物作用。


Paracel用于加快基因组数据分析的最新的系统：GeneMatcherTM，是特别为大范围的序列同源搜索而设计的，它运用最灵敏的动态程序运算法则，以惊人的速度进行数据相似性的分析。Paracel的软件产品：BioView ToolkitTM和BioView WorkbenchTM是用户可以方便的在GeneMatcher上从各种网络计算机平台上进行标准的常规搜索。