康柏上市遗传基因序列相似性搜索系统

　　[AD340X300]【日经BP社报道】日本康柏计算机(总部：东京品川区)于2002年6月19日开始提供可以高速进行遗传基因序列、氨基酸序列和蛋白质序列的相似性搜索的系统--“BioChopper”。价格自98万日元(约合人民币6万1250元)起。该系统通过将遗传基因序列等相似性搜索中的常用软件“NCBI-BLAST”放在并行分散群集环境中运行，实现了高速搜索。该系统在基于Alpha服务器(OS为Tru64)或者IA服务器(OS为Red Hat Linux)的群集环境中运行。该公司还将提供系统构筑、咨询服务和维修支持。其中，NCBI-BLAST由美国NCBI(美国生物科技信息中心)开
    发和发行。
   
    在生物信息学领域，目前正在进行这样的研究：通过对未知的遗传基因序列和已知的遗传基因序列的相似性进行比较，来预测未知的遗传基因所具有的功能。因此，就必须从遗传基因序列的数据库中搜索相似的序列。在计算机中，遗传基因序列是以字符串的形式来表示的。因此，遗传基因序列的相似性搜索，说得简单点就是字符串的“模糊搜索”。近年来，不但由于遗传基因序列的数据库已经变得非常庞大，而且由于精度的提高，搜索序列的长度也增加了，所以搜索起来需要很长的时间。
   
    BioChopper通过将遗传基因序列等数据库进行分割，并分配给构成群集的各计算机节点(服务器)，从而实现并行搜索。在该公司的验证试验中，对具备约190亿个碱基的DNA数据库进行了约1000个碱基的相似性搜索，从结果来看，与利用配备32 CPU的群集进行单一数据库搜索相比，搜索时间缩短到了1/32。
   
    同时，由于BioChopper与其所利用的NCBI BLAST本身没有直接关系，因此即使是在NCBI BLAST进行版本升级以后，也可以立即投入使用。
   
    另外，日本康柏计算机截止目前销售的相关软件产品有：生物学专用全文搜索系统“BioSearcher”、基于Web的可视性相似搜索工具“BioFinder”、以及可通过因特网从已经公开的序列信息数据库中自动进行数据收集和更新的系统“BioCollector”等。
   
    摘自：日经BP社