NIH资助结构蛋白组学软件升级

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    [生物通讯]欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory,EMBL)近日宣布，其与荷兰癌症研究院（Netherlands Cancer Institute，NKI）合作开发的结构蛋白组学软件 得到了美国国家卫生院（NIH）700,000美元资助，将进行升级。

   两家机构将利用这笔经费改进目前广泛用于翻译X射线衍射数据为蛋白质结构模型的ARP/wARP程序。这个软件是于1998年首次发行的，使实验室将分子模型构建和精练为电密度图谱（electron density map）的过程实现自动化。

    该软件的开发者、EMBL的Victor Lamzin和NKI的Anastassis Perrakis打算改进该软件处理低精度数据的性能，以使该软件能够处理更多蛋白质数据库（Protein Data Bank)中的结构数据。虽然该程序现在已可以处理精度达2.3å 和2.3å 以上的数据，但二人希望通过改进可以使该软件处理2.7å 或3 3å精度以上的数据。

    他们还计划为软件补充进一个图形用户界面和一个基于网络的文件服务系统，以使软件使用起来更为便利。

    根据两位发明者，ARP/wARP软件自问世以来，已在全世界超过700家实验室使用。该软件是免费向学术研究人员开放的。

生物通摘译自 GenomeWeb