大阪大学全球率先公开蛋白质立体结构XML数据库

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大阪大学蛋白质研究所和NEC等三家日本国内企业于7月4日通过因特网公开了利用XML描述的蛋白质立体结构数据库“Protein Data Bank”（PDB）以及数据搜索服务。该服务面向生物研究人员和技术人员。URL为http://www.pdbj.org/XML-DB_PDBj/。

PDB为国际性蛋白质立体结构数据库。目前容纳有超过2万1000个数据。大阪大学蛋白质研究所正在与美国的学术机构“Research Collaboratory for Structural Bioinformatics（RSCB）”和欧洲的“European Bioinformatics Institute（EBI）”共同致力于实现数据库的XML化。

参加企业包括NEC、Beacon信息技术公司（Beacon IT）以及三井物产。NEC参加了建立和运用系统以及开发数据解析工具的工作。Beacon IT和三井物产提供实验系统（数据库软件），大阪大学蛋白质研究所提供XML化PDM数据并主导整个实验。

该系统在搜索PDB数据的方式中采用了W3C基于XPath实现标准化的XQuery方式。可以简单记入重复、代入以及比较等功能。XML文档的搜索性能比以往更强。

大阪大学蛋白质研究所的网站（http://www.protein.osaka-u.ac.jp/）

NEC（http://www.nec.co.jp/）

三井物产（http://www.mitsui.co.jp/）

Beacon信息技术（http://www.beacon-it.co.jp/）

Research Collaboratory for Structural Bioinformatics（http://www.rcsb.org/pdb/）

European Bioinformatics Institute（http://www.ebi.ac.uk/）

摘自 日经BP网