分析DNA甲基化的新工具

　　

生物通综合：来自美国应用生物系统公司（Applied Biosystems）10月19日的消息，ABI将以免费的方式将一套新开发的软件 Methyl Primer Express公开提供给研究人员使用。 

这一研究工具主要作用是辅助设计出具有甲基化 (methylation)或硫化 (bisulphite)的特殊聚合酶链锁反应的引物(primers) 。在进行DNA甲基化分析的研究过程中，许多研究人员认为最麻烦也是最花时间的过程，就属设计出具有专一性辨识能力的特异核酸引物，ABI技术人员指出，这一套软件几乎可以在短短五分钟之内，设计出合用的核酸引物。 

目前这套专利权仍属于ABI，另外该公司还表示，新版的软件搭配该公司最新的产品 methylSEQr Bisulphite Conversion Kit，将更有效的加速对未知基因的研究速度。
附：

华人科学家Cell封面文章:第一张全基因组甲基化图谱

生物通报道：来自美国加州大学洛杉机分校分子，细胞和发育生物学，以及霍华德休斯医学院，萨克生物研究学院（The Salk Institute for Biological Studies）的研究人员绘制出了模式植物拟南芥全基因组甲基化图谱，这是第一张全基因组甲基化图谱，为研究转位沉默，表观遗传等提供了重要信息。这一研究成果以封面形式公布在《Cell》杂志上。文章第一作者为华人研究人员张晓语（Xiaoyu Zhang，音译）

链接：
Cell, Vol 126, 1189-1201, 22 September 2006
Genome-wide High-Resolution Mapping and Functional Analysis of DNA Methylation in Arabidopsis
[Abstract]

虽然胞嘧啶甲基化对于基因组的调控广度目前还并不清楚，但是这种调控机制对于研究转座子沉默（transposon silencing），内源基因表观遗传调控等方面意义重大。

在这篇文章中，Zhang等人报告了第一张全面的基因组DNA甲基化图谱（35bp resolution）——拟南芥全基因组甲基化图谱，通过绘制这张图谱，研究人员发现在pericentromeric （基因组结构中迅速改变的区域）异染色质，重复序列，以及生成小干扰RNAs的区域都有大量的甲基化现象。

而且令研究人员吃惊的是，转录区域三分之一以上的表达基因都出现了甲基化现象，但是在启动子区域只有至多5%的基因有甲基化。有趣的是，在转录区域基因的甲基化有极大程度的组织特异性。除此之外，研究人员通过DNA甲基化酶null mutants全基因组tiling-array转录分析识别了成百上千的基因和intergenic noncoding RNAs，研究人员认为其中许多也许是通过DNA甲基化进行表观遗传调控的。

(生物通：万纹）