蛋白质数据银行里程碑：第5万个分子结构

　　

生物通报道：以美国Rutgers大学、新泽西州大学和加州大学圣地亚哥分校为基地的蛋白质数据银行（PDB，Protein Data Bank）本月达到了它发展37年历史的一个重要的里程碑。第5万个分子结构存入该银行，这些结构信息对药学、生物信息学和教育具有重要意义。

 

PDB是世界唯一的大分子和核酸三维结构储存库。这个可在线自由获得的数据库使生物学研究人员和学生能够研究、储存和分享全球的分子信息。

 

正式建立于1971年、最初以美国Brookhaven国家图书馆7个结构起家，档案文件由一个叫做世界蛋白质数据银行（wwwPDB）团体管理。

 

现在，PDB每天大约能够获得由研究人员提供的25个新的实验确定结构，并且每月有超过500万个文件被下载。用户包括结构学术、政府和产业以及教育界的生物学家、计算机生物学家、生化学家和分子生物学家。

 

受到瞩目的样本包括新确定的肾上腺素受体结构，该成果将带来抗心脏病、过敏和其他疾病药物研发的革命，并且还包括了HIV的许多酶结构，而这些信息对设计新的抗癌症药物至关重要。

RCSB PDB的主席Helen M. Berman表示，科技的进步帮助这个数据库在近10年的时间里取得了巨大飞跃，PDB的规模在近三年半的时间里翻了一倍。

 

RCSB PDB的副主席说，“我们估计PDB的数据规模到2014年能够增长三倍，即拥有150000个分子结构”。

 

蛋白质是生物的主要构建基石，具有各种各样的结构，并且结果决定了其功能。目前存入PDB的结构在尺寸、复杂性和功能上多样化，其中包括：糖尿病人缺乏的胰岛素、与癌症密切相关的p53肿瘤抑制因子和与阿尔茨海默症有关的淀粉体蛋白。

 

蛋白质数据银行是美国国家科学基金会生物学部支持的世界范围的三维微观生物分子结构数据处理和共享的分布式数据库。美国卫生部、能源部与NSF共同资助该计划，具体由生物结构信息研究实验室负责管理。

 

1971年在美国Brookhaven国家实验室开始建立生物分子晶体结构的三维模型档案库，在80年代和90年代初，随着新技术的不断应用和公众对共享数据的要求，存贮的结构数据大量增加同时开始向外开放。它现在由生物结构信息研究实验室负责管理，发展成为一个采用X射线、核磁、电子显微镜等多种技术建立的三维模型，应用人员包括化学家、生物学家、计算机科学家、教育工作者等的一个WWW方式的大型分布式数据库。现在，该计划已支持在美国、英国、新加坡、日本和巴西建立数据中心和网站，在阿根廷、澳大利亚、中国、法国、印度、伊朗、波兰和中国台湾等可以进行数据维护。（生物通雪花）