全国政协委员、南京大学地理与海洋科学院院长高抒教授批评，目前科研经费分配和使用上存在严重的两极分化的问题，有些人甚至通过虚开发票等方式占用科研经费。全国政协委员、南京中医药大学王旭东教授也批评说，由于行政的权力掌控着科研经费，使得科研经费浪费与贪污无法避免。
建议科研人员年薪制
目前科研人员可以从科研项目经费中按一定的比例提成。虽然这曾经起到过调动科研人员积极性的作用，但高抒批评说，这种做法现在已出现为提成而搞项目的倾向，有些人甚至通过虚开发票占有科研经费。
高抒举例，比如两千万的项目，如果按10%的比例提成，就有200万。“这笔钱已经可以买一套别墅了”。与此同时，年轻的教师因难以拿到大的项目，只能靠自己的基本工资。
他建议，可以实行科研人员年薪制，“这样就可以使研究人员安心搞科研，使项目经费用到该用的地方”。
行政过多干涉科研经费
王旭东委员则从另外的角度批评了现在的科研经费管理机制。他说，现在科研体制中最主要的弊病在于行政的权力掌控着科研经费，由于行政官员对科研经费分配很难按项目本身优秀程度来确定，使得科研经费浪费与贪污无法避免。
王旭东认为，这种项目经费管理机制导致了真正能产生成果的项目得不到资助，毫无价值的项目却能获得千百万经费。
他举例说，江苏省体育学院一项研究改善运动疲劳的优秀项目仅获5000元经费，集我国两千年中药学精华的中华本草文献研究每人年均研究经费不足百元（507位医药学家工作20年，总经费65万）。
王旭东建议将行政权力彻底从科研立项、经费审批、成果评审中剥离，仿照国家自然科学基金委员会形式，成立相对独立、所受行政干扰较少、评审较为公正的科学基金委员会，接替科技主管行政部门的工作。
