各大生物芯片公司最新动向

　　

2009年对于芯片制造商来说是繁忙的一年，各家芯片厂商都在推出新的芯片产品和平台，同寻找与自己技术相补充的公司和技术，同时致力于推动新的用于分子诊断的芯片产品。

占有表达谱研究以及基因分型研究较大市场的芯片厂家，如Affymetrix、Illumina、Agilent以及Roche NimbleGen都已承诺在今年推出新产品或进行潜在的收购，巩固芯片制造的基础设施，并铺设建立一个进入诊断的渠道。

Affymetrix

例如，Affymetrix今年计划推出一些新的芯片产品。

在2008年10月，Affymetrix推出了GeneTitan系统，这是一种用于提供芯片杂交和数据分析的全自动仪器，同时推出的还有一种新的芯片格式“peg array”，这种芯片可以使客户同时在一次实验中在微量板上进行24、48或96个阵列的实验。

Affymetrix的第一个GeneTitan产品是针对HT 3'IVT Express Assay的全基因组表达谱研究，Affy声称该产品的优点是精简的protocol和能够使用较少量的样品。目前，Affymetrix推出的peg array版本的产品有人、大鼠、小鼠等。

在其2008年第三季度10月份的盈利报告中，Affymetrix声称它计划在今年年中推出基于GeneTitan系统的peg array用于基因分型研究，在新的基因分型peg array上的内容，将不是基于目前的Affymetrix产品，而是推出新的产品。

Affymetrix首席执行官Kevin King说：“这些新的产品将为药物研究提供比目前更高标准的产品，尤其是这些产品同时会降低样品的单位成本，而且将提供样品和样品间的重复性”。

Kevin King补充说：“我们希望这些技术的应用能从容进行，但是在短期内，临床实验部分中药物研究的部分的增将不能抵消医药研究部分下滑的部分。”

虽然Affy推出了新的针对基因分型的产品，而且它也具备了“集成USB”接口，真材实料，Panomics，这是Affy在2008花费了1.73忆美元收购的第三家公司。上个月，Affymetrix首席财务官John Batty暗示Affymetrix在2009年将有3.15亿美元的现金和等价物来收购更多的公司，从而为其提供更广泛的基因组研究工具。

Batty说：“在这一点上，我们有大量的基石，我们必须执行我们的计划。而且我们将立即获得流动资金，我们可能在明年获得更多的机会。

特别的是，Batty说Affy可能会收购小型私人公司，这样能够使得整合大型的运营良好的母公司得益。“这是非常清楚的，对于小型公司来说资金变得非常困难，能够被公司选择收购，例如Affymetrix，能被这个具有全球品牌和销售通路的公司，将十分引人注目”Batty说。

Affy也期待FDA能够清楚一些基于其平台的检测。一些Affy的合作者使用使用“Affymetrix授权”的计划，例如Almac诊断公司，Skyline Ventures, 以及Ipsogen已经宣布计划今年进行510(K)认证。

Illumina

Affy的竞争对手Illumina正在为扩展其在分子诊断市场而奠定基础。

在2008年11月，Illumina宣称它希望它的一个试剂盒在在2009年年中能够通过FDA的认证。

虽然Illumina计划通过美国监管机构认证的第一个试剂盒是基于数字化微珠技术的，但是它们希望他们的CLIA实验室可以提供基于测序和微阵列的服务。

谈及Illumina的诊断计划，Greg Heath，Illumina高级副总裁兼总经理说，肿瘤研究是分子诊断中一个美好的增长点，他同时还谈及了在即将开展的卵巢癌及胃癌研究。

公司首席执行官Jay Flatley还透露，这种基于微阵列的服务，Illumina希望能通过实验室为它的合作者23andMe公司和Decode公司提供自样品处理开始的服务。Flatley说当这种由其合作者提供的直接面对客户的遗传服务目前是一个“富人和名人”的市场，而且被Illumina视为未来收入的来源。

“我们相信未来将有巩固的个人诊断市场：Flatley说，”到那一天，诊断和个人市场将进行区分，它们将成为独立的市场。

除了诊断和个人诊断市场，Illumina最近讨论了作为农业生物学研究工具的机会，Illumina将为农业研究客户推出更多的芯片产品。而迄今为止Illumina已经可提供牛、马、狗的SNP芯片。

Illumina同时表示，将增加两个款新的用于农业研究的成品芯片，同时Illumina将雇佣更多农业领域的专家用来满足客户的需要。

Agilent

2008年，Agilent就开始准备推出高密度的新一代芯片平台。它们将推出格式为1百万的微阵列芯片，这对于目前格式为244K的微阵列芯片来说是一个飞跃。

在2008年6月，Agilent推出了新版本的基因芯片扫描仪，该扫描仪的分辨率达到2um。这种扫描仪可用于扫描Agilent目前的65-micon的芯片产品，它也可用于格式为1百万的300micron的产品，并且可配合原先的48张芯片扫描传输装置。

Agilent新推出扫描仪的同时也配合了生物信息学的升级。2008年9月，Agilent推出了GeneSpring GX10.0版本，这是Agilent的新一代生物信息学研究平台。GeneSpring GX10.0将提供系统层次的数据解释、pathway分析。该产品可帮助用户进行基因表达谱、小RNA、可变剪切、定量PCR实验的数据分析。

Agilent基因组高级营销主任Chris Grimley表示，Agilent将继续发展其基因表达的组合产品，基于福尔马林固定样品、石蜡包埋样品的protocol将于近期上市。

Roche NimbleGen

Roche NimbleGen在2008年为了使若干不同的应用可使用了它的新的HD2平台而进行了升级。在每个微阵列上包含2.1 million个探针（其先前产品每个微阵列上包含385K个探针）

Nimblegen（2007年被罗氏以27.2亿美元收购）在2008年11月推出了针对染色质免疫沉淀研究的HD2芯片和服务。这套芯片包括了人Deluxe启动子芯片，这款产品为研究者提供了所有已知和覆盖范围在10K的可变起始位置启动子，同时也覆盖所有注释的CpG岛和小RNA启动子。Nimblegen也同时推出了人、大鼠、小鼠和其它物种的全基因组tilling芯片。

在随后的一个月，Nimblegen紧接着推出了人CGH 12×135K全基因组Tilling芯片2.0版本，这款芯片被用于研究DNA拷贝数变化，同时Nimblegen还会出了2.5版本的扫描仪，软件包括protocol用于提高日后芯片的分析能力。

这周Nimblegen的发言人Kary Staples说Nimblegen还计划将其DNA甲基化Tilling芯片升级到2.1M。

该公司还计划推出人exome产品用于配合HD2序列捕获产品。该款产品针对几乎所有人类蛋白编码外显子进行人类基因组变异研究。

2009年，Nimblegen的序列捕获系列产品将包括产品的优化、简化针对下一代测序序列捕获样品的处理，获得更高的通量，同时这些改进将进一步降低每个样本的成本并加速样品的处理能力，同时大大促进下一代测序研究。

同时，2009年Nimblegen还计划推出新的MS 200芯片扫描仪，该扫描仪可扫描标准的1×3英寸，格式为385K以及2.1 millio的芯片，分辨率为2或者5 micron。