HiSeq 2000 vs SOLiD 4 谁是新一代测序仪强中强？[选购宝典]

新一代测序的三国演义也是愈发精彩。Illumina和ABI竞相对现有的系统进行升级，同时也在不断开发新系统，争取占领更大的市场。罗氏则一直默默无闻，可能正在紧锣密鼓地开发，说不定哪天就推出一台让人耳目一新的系统。Illumina目前拥有三种测序平台，分别为HiSeq 2000、Genome AnalyzerIIx和Genome AnalyzerIIe。ABI则主要是SOLiD 3和SOLiD 4，单分子测序仪将会在今年下半年启动早期试用。

HiSeq 2000与SOLiD 4分别作为两家公司目前最先进的系统，究竟谁才是新一代测序仪强中强？让我们先来看看这两台仪器的系统参数吧。

SOLiD™ 4系统参数*  询价

通量	利用SOLiD™ ToP试剂，每次运行可得到最多100 GB可作图的序列或14亿个读取
文库类型	·         Mate-paired文库 ·         Paired-end文库 ·         片段文库
起始材料类型	从血液或单细胞中分离而来的DNA或cDNA，RNA，BAC，质粒，fosmid，组织（高肿瘤载量）和PCR产物
起始材料的量	起始材料的所需量因应用而异 ·         Mate-paired文库为10 ng到5 μg ·         Paired-end文库为10 ng到5 μg ·         配对文库为5 μg到20 μg
玻片配置	单个样品：每个流动槽1-8个 多重样品：每次运行最多1536个
流动槽	2个独立的流动槽
系统准确性	因为双碱基编码，准确性高于99.94%
共有碱基准确性	在15倍覆盖度下的准确性高于99.999%
碱基质量	超过80%的碱基>QV 30
多重性	目前有96个DNA和48个RNA的条形码
分析	·         SAM和BAM形式输出 ·         先进的信息学让可作图的读取增加20%，且原始准确性的减少低至平均值1% ·         可定制的应用分析，有着全面的生物信息学分析框架进行灵活的数据审查

* 参数可能会变化。

HiSeq 2000的初步性能参数  询价

读长	运行时间	产量
1×35 bp	~ 1.5天	26-35 GB
2×50 bp	~ 4天	75-100 GB
2×100 bp	~ 8天	150-200 GB
通量
2×100 bp运行，每天多达25 GB
读取
最多20亿个paired-end读取
服务与支持
Illlumina将确保HiSeq 2000正确安装，并不断提供维护和服务。在北美、欧洲和亚洲均有这种行业领先的支持。

从通量这个最直观的数字看来，HiSeq 2000以200 GB领先于SOLiD 4。以往一直是SOLiD系统遥遥领先，现在Illumina总算打了个翻身仗。通量上升了，测序费用自然下降。研究人员利用HiSeq 2000以30倍的覆盖度对两个人类基因组进行测序，每个基因组的费用不到1万美元。HiSeq 2000的读长也已经上升到了100 bp。

不过，就系统准确性而言，SOLiD 4似乎更胜一筹。双碱基编码固有的错误核对性质，以及原始错误率的下降，提供了高度准确的数据，其中80%以上的碱基有着>30的质量值。这种无以伦比的准确性是系统固有的，能让用户获得更低的假阳性率。

从目前的销售情况来看，Illumina胜出。在HiSeq 2000刚上市时，华大基因就一次订购了128台。这是Illumina迄今为止签下的最大一笔。而SOLiD系统因上市较晚，也错过了一些机会。据Illumina官方统计，目前市场上已安装的新一代测序仪总数逾1500台。

因这两台仪器都是刚上市，故我们手头也没有详尽的资料将两者一一对比，以后会慢慢补充。新一代测序这场竞赛，Illumina暂时领先。但这只是个开头，谁也猜不中结局。随着单分子测序仪的不断上市，竞争将日趋白热化。测序仪，没有最好，只有更好！（生物通 薄荷）