Amgen(安进)公司选择454测序平台以寻找适用于癌症药物治疗的新位点

　　

摘自Julia Karow  Apr 27, 2010  GenomeWeb

全球著名生物制药公司美国Amgen(安进)公司上周表示，通过使用二代测序技术分析肿瘤样本来寻找新的生物标志物，能用于预测直肠癌的药物治疗效果。

在这项研究中，科研人员及Amgen研究人员利用罗氏454测序平台对EGFR抑制剂(表皮生长因子受体抑制剂)Vectibix的临床试验中的320例肿瘤样本的9个基因进行测序。“据我们所知，这是首次利用下一代测序技术来分析临床三期试验的肿瘤样本，这将大大推进我们正在进行的临床研究”。安特卫普大学医院及该项目首席研究员Marc Peeters这样说道。

这项研究的目的在于阐明直肠癌中9个已知基因的突变是否能够预测Vectibix或Panitumumab药物治疗效果。 已知KRAS基因突变代表药物治疗反应不佳。

研究人员通过454平台对AKT1、BRAF、CTNNB1、EGFR、KRAS（外显子3）、NRAS、PIK3CA、PTEN和TP53基因的突变进行测序。这些基因都直接或间接地参与EGFR信号通路。

研究人员共对43个外显子进行扩增，并由5.7M条测序读长中得到1.26Gb数据。320例样本中，有288例得到平均每位病人的7.85个基因结果，基因完整率达84%-99%。研究人员通过结果发现，在9个基因中都存在突变。50例肿瘤样本有一个以上的突变基因，20例样本中单个基因内均有多处突变。

研究人员总结：“高灵敏度的454测序帮助他们发现了预期外的患者肿瘤样本的基因型复杂性”。

Vectibix显着改善KRAS野生型肿瘤患者的无进展存活(progression-free survival)，而对于KRAS突变型肿瘤患者的无进展存活未显作用。 除了KRAS外，NRAS突变也与Vectibix无疗效相关。Vectibix能显著提高KRAS及NRAS野生型肿瘤患者的无进展存活，而Vectibix对NRAS突变型肿瘤难以起作用。 研究人员还发现高于预期的KRAS与BRAF或NRAS共突变，对于这一发现，Amgen公司会做更进一步的大量研究以确定BRAF突变的预期值。

Amgen公司的分子科学部门使用454测序平台已超过1年半，在肿瘤药物开发领域有突出应用。
参与Vectibix项目的Amgen公司首席科学家Alex Parker表示，自去年以来，Amgen已经通过454测序平台分析了1000例样本，并将对已完成和正在进行的临床试验样本进行越来越多的此类研究分析。

可以说罗氏454测序仪在测序读长，测序准确性和灵敏度上的独特优势，将带动更广泛的临床研究。

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