Science一篇热点关注文章引发争议

　　

生物通报道  近日来自美国印地安那大学伯明顿分校的几位科学家对今年早些时候发表在国际顶级学术期刊《科学》（Science）上的一篇热点关注研究论文提出了质疑。

这篇题为“Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome”的研究论文是由美国宾夕法尼亚大学Vivian Cheung领导的一个研究小组发布的。这篇文章一经发布便引起了科学界的广泛关注，成为5月Science杂志最受关注的研究论文之一。

在这篇文章中Cheung等称她们在新研究中惊异地发现RNA与DNA序列之间存在广泛的差异。研究人员对参与了千人基因组计划（the 1000 Genomes Project）和国际单体型计划（the International HapMap Project）的27个人的全基因组和转录组测序结果进行分析和比较后，发现大量的RNA与其模板DNA序列不一致，他们在外显子中发现了超过1万个不同的位点。由于在不同的人中存在有相同的错配，从而表明这些并非是转录过程中的随机错误。进而他们证实这些“错配”的RNA也参与指导合成了蛋白质。

此外，研究人员在文章中还强调他们发现的RNA编辑现象是不同寻常的。平均每个人大约存在1065个这样的RNA与DNA序列差异（RNA–DNA differences ，RDDs）。其中一些错配的碱基改变并非通过已知的RNA编辑机制产生，这表明还存在其他未知的作用机制。

当时对这一研究进行报道和点评的新闻媒体指出：“这一研究如果被证实是真实的话，将成为本年度最重要的发现，从而导致分子生物学中的‘遗传中心法则’被改写。”

然而本月初美国印地安那大学伯明顿分校3位科学家Daniel R. Schrider, Jean-Francois Gout 和 Matthew W. Hahn发布了最新的研究数据，指出Cheung小组报道的约55%的RNA-DNA差异事实上是种内同源基因的准确转录（它们高度相似，却不完全相同），因而并不能算是RNA-DNA差异。Hahn称这些种内同源基因的一些存在于人类参考序列中，还有一些存在于Cheung原始研究测序个体的基因组中。Hahn认为Cheung研究小组并未发现这些种内同源基因序列是因为她们没有将转录RNA序列与研究中测序个体的DNA序列或是人类参考序列进行比对。此外，Hahn还指出Cheung的原始研究工作中可能还存在其他一些潜在的错误。

Cheung第一时间对Hahn等人的质疑提出了反驳，Cheung表示在论文发表后她们对更多的样本进行了分析，并在分析中增添了更多的参数，新研究数据支持并进一步地验证了她们初期的发现。此外，近几个月来其他一些研究团体在权威期刊上发表的论文也与她们的数据相互印证。

Chueng表示：“来自Schrider及其同事的数据是不严谨的。”她认为Hahn和同事在参考序列中鉴别的许多种内同源基因并不存在于她的研究小组报告的RNA-DNA差异序列中，Hahn的研究小组没有足够的证据证实90%的RNA-DNA差异都是假象。

Hahn对Chueng的说法进行了回复。Hahn称他的研究小组发现了数千个种内同源基因与报告的在人参考序列及检测个体基因组中的RNA-DNA差异相匹配。90%的差异是错误的结论是对已有数据的合理推测。

Hahn还指出另一位科学家Heng Li在将来自于Cheung研究的一个个体的RNA-DNA差异与个人的全基因组测序序列进行了比较后，发现Cheung'小组报告的1244个RNA-DNA错配事实上不到50个。并且大多数差异与从前已知的RNA编辑方式相一致。

Hahn指出在DNA的转录物中存在个别的RNA编辑现象，这一机制从未遭受过质疑。其争议所在是存在有1万个RNA-DNA差异，还是只是存在多个不同的位点。Hahn认为Cheung没有资格将研究成果发表在Science杂志上，因为她发现的RNA编辑并非她们所声称是一种不同寻常的机制。尽管Cheung引用了大量的论文来支持她的研究，Hahn仍认为Cheung利用这些论文来支持她的观点不过是一种狡辩。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Widespread RNA and DNA Sequence Differences in the Human Transcriptome

The transmission of information from DNA to RNA is a critical process. We compared RNA sequences from human B cells of 27 individuals to the corresponding DNA sequences from the same individuals and uncovered more than 10,000 exonic sites where the RNA sequences do not match that of the DNA. All 12 possible categories of discordances were observed. These differences were nonrandom, as many sites were found in multiple individuals and in different cell types, including primary skin cells and brain tissues. Using mass spectrometry, we detected peptides that are translated from the discordant RNA sequences and thus do not correspond exactly to the DNA sequences. These widespread RNA-DNA differences in the human transcriptome provide a yet-unexplored aspect of genome variation.