Science杂志最受关注的文章（12月）

　　

生物通报道：美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办，是国际上著名的自然科学综合类学术期刊，与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论，许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的，比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的关系，标志性基因组研究成果等。Science杂志近期下载量最多的文章包括：

A Draft Sequence of the Neandertal Genome
Richard E. Green, Johannes Krause, Adrian W. Briggs, Tomislav Maricic, Udo Stenzel, Martin Kircher.etc.
May 7, 2010; 328:710-722

这篇去年的文章入选了Science杂志当年的十大科学突破，这一国际性的研究团队对尼安德特人（Neandertal）的基因组序列进行了测定。他们所用的是在克罗地亚的一个洞穴中发现的来自3个尼安德特人骨头的一个药片大小的骨粉样品。

获得第一个版本的尼安德特人的基因组测序完成了人们的一个长期以来的梦想。我们第一次能够发现将我们与其它所有生物区别开来的基因特征，其中包括那些在进化上距离我们最近的亲族。

Evidence for Network Evolution in an Arabidopsis Interactome Map

拟南芥是生物学研究中最为著名的模式植物。在这篇文章中，研究人员发布了首张拟南芥系统网络图谱，描述拟南芥蛋白的相互作用，被称为”相互作用组”。

这一图谱描述了拟南芥中2774个独立蛋白的6205种相互作用，有助于发现植物生长、抗病等新性状。这向我们展示拟南芥如何工作，为研究其他植物提供了指导，尤其是那些用于农业和医药的植物。

Partial Retraction
Robert H. Silverman, Jaydip Das Gupta, Vincent C. Lombardi, Francis W. Ruscetti, Max A. Pfost, Kathryn S. Hagen, Daniel L. Peterson, Sandra K. Ruscetti, Rachel K. Bagni, Cari Petrow-Sadowski, Bert Gold, Michael Dean, Judy A. Mikovits
Oct 14, 2011; 334:176-176

2009年，来自美国国家癌症研究所的研究人员发现在101个CFS病患中，86个慢性疲劳综合症病人的血液中出现了XMRV病毒；而在218个健康人中，只有8个人的血液内含有这种病毒。但是这一发现却在同年就被英国帝国理工学院等机构的研究人员否定，今年同样是来自美国癌症研究所的另外一组研究人员再次发表新发现，提出XMRV病毒的存在可能与实验室污染有关。Science终于发布消息，2009年论文作者要求撤销相关部分论文，撤销原因是重复实验发现当年部分实验样本遭到了污染。

慢性疲劳综合症（chronic fatigue syndrome，CFS）是一种新疾病，临床表现主要为极度疲劳、微热、咽痛、淋巴结肿大、体力低下等。全球有1700万饱受CFS折磨的患者。目前，还没有有效治疗CFS的药物，医生只能采取一些认知行为疗法来帮助病人应对失调所带来的严重影响。

2009年Lombardi等人提出慢性疲劳综合症可能与XMRV病毒相关，这给患者带来了希望，一些医生甚至在开处方时已开始对CFS患者使用抗逆转录病毒药物。XMRV病毒全称为异嗜性小鼠白血病病毒相关病毒(Xenotropic murine leukemia virus-related virus)，XMRV病毒的复制速度似乎不像艾滋病毒那么快。XMRV是一种反转录病毒，这意味着一旦感染，病毒就永久留在感染者体内，要么人体免疫系统对其进行控制，要么需要进行药物治疗。

但是随后的许多实验都无法重复这一研究结果，今年6月Science两篇论文又再次提出了对上述结果的质疑，在这之前，Science杂志主编曾致信给2009年论文的作者，询问他们是否愿意自愿撤回论文。但是文章作者表示，目前还为时尚早，课题研究仍在进行，也提出自己研究组的成果是在五个不同的实验室进行的，而且这些实验室并没有被污染的证据。这两篇最新的论文通过追溯XMRV病毒的起源，提出XMRV病毒的存在可能与实验室污染有关。研究人员认为，上世纪90年代期间，为了制造更多的肿瘤组织以便于研究，研究人员将人类的肿瘤组织直接注射于小鼠体内，再将在小鼠体内成长的肿瘤组织注射给新的小鼠，直到他们找到足够多的用于研究的“移植瘤”（Xenograft）。在研究人员对两种小鼠白血病病毒进行重组过程中，XMRV病毒极其巧合地“诞生”了。因此研究人员认为XMRV病毒与人类疾病之间的关系可能来自于上述重组事件导致的实验室污染。

RNA Mimics of Green Fluorescent Protein
Jeremy S. Paige, Karen Y. Wu, Samie R. Jaffrey
Jul 29, 2011; 333:642-646

来自美国威尔康乃尔医学院（Weill Cornell Medical College ）的研究人员称他们开发了一种可以跟GFP蛋白媲美的新型荧光工具，这种被命名为“Spinach”的RNA-荧光基团复合物可用于追踪细胞内各种RNA的功能动态。这一新技术将帮助科学家们揭开与人类生命活动及疾病相关的RNA的神秘面纱。

这一研究组利用RNA能够折叠形成复杂三维形状的特性，构建了两个新实体（entities）：一段显示特异形状的合成RNA序列，以及一个与RNA结合后发射荧光的小分子。研究人员对多种分子进行了尝试性实验，其中大部分由于会与细胞膜上的油脂结合发射荧光或本身具有细胞毒性而无法将其用于构建理想的荧光分子。最终，研究人员发现GFP蛋白中就包含了他们一直想寻找的分子——一种荧光基团。于是研究人员根据这一荧光基团的形状合成了一些化学分子，并在随后构建了一条能够衔接这些化学分子的人工RNA序列。研究人员将他们第一个成功构建的“RNA-荧光基团”复合物命名为“Spinach”。在进一步的实验中，研究人员再度成功构建出与Spinach发射不同荧光波长的多个“RNA-荧光基团”复合物。

Linking Long-Term Dietary Patterns with Gut Microbial Enterotypes
Gary D. Wu, Jun Chen, Christian Hoffmann, Kyle Bittinger, Ying-Yu Chen, Sue A. Keilbaugh, Meenakshi Bewtra, Dan Knights, William A. Walters, Rob Knight, Rohini Sinha, Erin Gilroy, Kernika Gupta, Robert Baldassano, Lisa Nessel, Hongzhe Li, Frederic D. Bushman, James D. Lewis
Oct 7, 2011; 334:105-108
MICROBIO

新的研究清楚地显示，随着某个人所吃的饮食的不同，特殊的微生物会在人的肠道中安营扎寨，并成为那里的统治阶级。

Gary Wu及其同事在2则独立的研究中证明，类杆菌属喜欢居住在食肉性、含饱和油脂饮食者的肠道中；瘤胃球菌属则喜欢居住在进食酒精性和多价不饱和油脂饮食者的肠道中，而普雷沃氏菌属则会在以进食碳水化合物饮食为主的肠道中兴旺地生长。 这些发现是重要的，因为有越来越多的证据表明，肠道中发现的微生物群落对人体的健康和疾病会有独特的影响。
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研究人员首先收集了98人的大便样本以及通过两份问卷而得到的有关他们饮食的资讯。 他们对在这些粪便样本中发现的不同的细菌进行了探索并分辨出3种独特的肠道菌型，或称由某种类型细菌占主导地位的微生物群落。 研究人员对由10位参与者组成的进食对照组的人（这些人所进食的是提供给他们的饮食）的粪便进行了追踪。

他们发现，尽管个体的肠道微生物组群会在饮食改变的24小时内出现轻微的变化，但人们的肠道菌型在为期10天的研究过程中则仍然是相对稳定。