罗氏GS Junior助力致命大肠杆菌的深入分析

截止16日，致命的大肠杆菌O104菌株目前已经造成德国38人及瑞典1人死亡。虽说疫情高峰已过，但病菌的源头仍未查清，为欧洲的食品安全蒙上一层阴影。近日，英国健康保护局（Health Protection Agency）利用罗氏454的GS Junior测序系统，对细菌进行了“迄今为止最准确、最详细的遗传分析”，该数据已经上传至NCBI网站。

　　

截止16日，致命的大肠杆菌O104菌株目前已经造成德国38人及瑞典1人死亡。虽说疫情高峰已过，但病菌的源头仍未查清，为欧洲的食品安全蒙上一层阴影。各国的科学家都在加紧研究，希望能更深入地了解这种神秘的大肠杆菌。

近日，英国健康保护局（Health Protection Agency）利用罗氏454的GS Junior测序系统，对细菌进行了“迄今为止最准确、最详细的遗传分析”，该数据已经上传至NCBI网站。

研究结果表明，该菌株有着独特的特征组合，包含来自两种不同类型大肠杆菌的基因以及它自己的基因。测序拼接表明，该菌株包含了两个染色体外元件或质粒，这些元件可能与它的致病性有关。

454测序系统所产生的长读长让HPA的科学家能够在数小时内将几乎整个基因组拼接成一幅全面的基因组图谱。序列数据将协助后续分析，以鉴定病菌的来源，并了解这种菌株如何进化。

HPA生物分析部门的主管Saheer Gharbia教授表示：“我们很高兴生成了全面的遗传代码数据。我们拼接完成后，立即与科学界共享，以便协助国际组织追踪这种新兴的感染。这项工作显示了HPA在监控爆发以及分析数据上的能力。”

454生命科学的基因组学主管Chinnappa Kodira也谈到：“这种长的连续拼接能够更好地鉴定基因组结构、水平基因转移和致病岛，这些对了解新型大肠杆菌菌株的出现很重要。来自GS Junior的长读长序列数据为科学界提供了迄今为止最连续的序列，可在此基础上开展后续分析。”

454生命科学的总裁Christopher McLeod表示：“快速的周转时间以及高质量的长测序读长让GS Junior成为理想的研究平台，在新病原体爆发时快速全面地开展全基因组分析。”

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序列数据可在NCBI的网站上浏览，地址为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/。GeneBank ID为67929，accession number为afpn00000000。数据也可以在HPA的网站上查看，地址为：www.hpa-bioinformatics.org.uk/lgp/genomes。

至此，在人类与大肠杆菌的这场战役中，三大测序公司的测序仪都已登场，发挥着各自的优势。Ion PGM™是一种采用半导体技术的DNA个体化操作基因组测序仪，它可以在短短两个小时内完成高通量和高精确度的DNA测序。而Illumina公司HiSeq 2000测序平台助力了第一个真正意义上基于从头测序的组装结果的产生。（生物通 余亮）