单分子测序读长再创新高

生物通报道：PacBio® RS单分子测序仪的生产商Pacific Biosciences公司于11月6日发布了最新升级，用户只需免费更换试剂并进行软件升级，即可轻松将测序平均读长提升至5000bp。

Pacific Biosciences公司SMRT单分子测序技术所生成的读序本就比其他DNA测序技术长一个数量级。而这次最新升级更将其平均测序读长从3000bp增加到了5000bp，最长甚至能达到20000bp。读序长度对于解读复杂遗传信息的应用来说非常关键，例如装配并完成完整基因组、定位跨越长距离的基因组突变、核酸重复序列相关疾病研究、以及解析选择性剪切转录本的结构等等。

本次XL升级借助新化学试剂和软件的力量将测序读长全面提升。新XL试剂中含有更快的聚合酶，每秒能够读取等多的碱基。而这次升级中最亮眼的则是，可以在聚合酶刚激活时就开始收集测序数据，这也是这次读序大提升的主要原因。此外，升级后仪器在测序反应过程中记录数据的时长也会增加。

“XL试剂是C2试剂的补充，用以解决de novo组装等需要最长读序的应用，”PacBio公司的Dr. Jonas Korlach介绍道。“我们SMRT测序技术相当独特，可以不断进行调整来为应用项目提供最优结果。这样的灵活性使我们得以持续升级，来帮助我们的用户进行更有效研究，并且让我们能够不断拓展产品的新应用，以帮助科学家们解读复杂基因组和转录组。”

美国冷泉港实验室的科学家就应用这一最新升级进行了水稻基因组的组装，得到9倍覆盖率的长片段读序中有50%在4800bp以上。冷泉港实验室的助理教授Dr. Mike Schatz对此评论道，“与末端配对测序的ALLPATHS-LG装配结果相比，PacBio长读序使contig连续性提高了一倍。”

Pacific Biosciences公司的Dr. Korlach将在11月8日美国旧金山举行的ASHG （American Society for Human Genetics ）年会上介绍这次的最新升级。一些PacBio RS第三代测序用户也会在该次会议上交流他们的最新研究进展和成果。其中包括加州大学戴维斯分校的Dr. Paul Hagerman（在脆性X染色体综合症）、斯坦福大学的Dr. Hagen Tilgner（真核转录组分析）、犹他州大学的Dr. David Witherspoon（人激活的LINE-1元件动态扫描）等。