2011创新产品:Ion PGM测序仪[新品推荐]

【字体: 大 中 小 】 时间:2012年03月12日 来源:生物通

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  首款基于半导体技术的测序仪让人眼前一亮。它支持三种价格和产量不等的半导体芯片,灵活可扩展。创新的半导体芯片让测序仪更快速、更易用,且价格更具竞争力。它降低了新一代测序技术的门槛,让我们向真正的个性化医疗又走近了一步。因此,Ion PGM™测序仪被广大读者评为“2011生命科学十大创新产品”。

为了跟上生命科学飞速发展的脚步,2011年末生物通第五次推出“生命科学十大创新产品”评选活动。在这次活动中,我们共收到68个候选产品。经过两个月的读者投票和专家评鉴,2011生命科学十大创新产品终于出炉……

首款基于半导体技术的测序仪让人眼前一亮。它支持三种价格和产量不等的半导体芯片,灵活可扩展。创新的半导体芯片让测序仪更快速、更易用,且价格更具竞争力。它降低了新一代测序技术的门槛,让我们向真正的个性化医疗又走近了一步。因此,Life Technologies公司的Ion PGM™测序仪被广大读者评为“2011生命科学十大创新产品”。

半导体与测序仪,这真是个突破性的组合。大家一定很想了解,Rothberg博士在开发出454测序仪之后,又如何打造出这样一款与众不同的Ion PGM™ 测序仪。为此,我们采访了Life Technologies公司的产品专家。

据介绍,当时,随着二代测序技术的出现,各家公司都在通量方面不断地进行角逐,测序的通量虽然得到了很大的提高,但是也带来了一些缺点。第一,运行时间越来越长,用户需要等数周时间才能得到结果;第二,测序仪的仪器采购和运行成本提高;第三,只有几家比较大的基因组中心和技术服务中心才需要比较大的通量。而中小型实验室对小数据量的需求往往得不到满足。

Rothberg博士正是本着用户对于成本、速度、灵活和简捷性于一身的仪器的需求,开创性地将半导体芯片工业的技术应用于基因测序领域,依靠简单的生物化学反应,仅需DNA聚合酶和天然核苷酸,而无需化学修饰和昂贵的化学发光检测系统,满足了用户对于成本、速度、灵活和简捷性的需求,将为测序仪的普及做出巨大的贡献。

Ion PGM™测序仪支持三种Ion半导体芯片的不同通量,为项目和成本提供了灵活性。Ion PGM在刚发布的时候,314、316、318芯片的通量分别是10M、100M和1G,读长为100bp。而搭载着半导体产业的快车,Ion Torrent半导体芯片测序技术也得到了飞速的发展。目前,314芯片的通量可达150M,316芯片的通量达到850M,而318芯片的通量达到1.42G。单端测序平均读长可达200bp以上,双端配对读取可达2×100bp,同时支持mate -pair测序模式。

在今年第2季度,Life Tech将发布2×200bp双端配对测序试剂盒,而下半年将发布400bp单端测序试剂盒,届时灵活性将进一步提高。

Ion PGM测序仪由于其简捷、扩展和快速的特性,应用范围非常广泛,是多个应用的理想解决方案。目前可进行微生物和病毒Deovo测序、微生物和病毒重测序、扩增子测序、靶向测序、micro RNA和small RNA测序、甲基化测序、CNV检测和定量、全基因组测序或者全外显子组测序验证、条形码文库、末端配对测序、线粒体测序、文库质控、ChIP-Seq、RNA-Seq、mate-paired 测序。

目前包括香港、台湾在内的大中华区已有50多家机构安装了这款仪器,覆盖中国的多个省份, 各个实验室的运行良好。

Ion Torrent测序仪的杰出性能让Ion Torrent能够快速扩展其应用组合,其在基因组测序、扩增子重测序和RNA-Seq上的表现有目共睹。而新的Ion AmpliSeq™试剂盒采用了一种革命性的技术,可同时在一管进行1536重PCR反应。Ion AmpliSeq™ Cancer Panel是他们推出的第一个商品化试剂盒,它覆盖46个基因和超过700种已知的体细胞和生殖系突变,所有这些在单管、单日流程中即可检测。

第二季度Life Tech还会发布Ion Ampliseq™完整Cancer Panel,这个试剂盒可靶向检测约400个基因,10000多种扩增子。另外一款试剂盒,Ion Ampliseq™遗传疾病Panel能靶向检测约100种孟德尔遗传疾病状态,10000多种扩增子,涵盖心血管、发育、代谢、神经、免疫和肿瘤等多种疾病的检测。

生物通曾报道,Life Tech推出了一款新测序仪。据介绍,这款名为Ion Proton的台式基因组测序仪已从今年1月10日起上市,对早期用户开放订购,将于2012年第三季度开始全球发货。届时会搭载Ion Proton™ I 和Ion Proton™ II两款芯片。Proton™ I有1.65亿个反应孔,1张芯片可检测2个人类外显子组。Proton™ II芯片会有6.6亿个反应孔,1张芯片可检测1个人类基因组。这两张芯片的测序时间仅需数小时。每次运行可低至1000美元左右。

在测序方面,Life Technologies公司一直处于行业的领导者位置,并且一直在研发方面投入了大量的资金,相信在不久的将来,他们会在芯片的通量,准确性,速度等各方面进一步地提高,为科研工作者提供更加方便、简捷、快速的测序仪器。(生物通 余亮)

欢迎索取Ion PGM测序仪的更多资料!

 

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