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miRBase:最新microRNA数据库19.0版上线
【字体: 大 中 小 】 时间:2012年08月03日 来源:联川生物
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在大家苦苦期盼9个月后,Sanger miRBase最新版本的microRNA(miRNA)数据库19.0版终于在2012年8月1日正式发布了。相比于以往版本的数据库,19.0版数据库进行了巨大的数据更新。
在大家苦苦期盼9个月后,Sanger miRBase最新版本的microRNA(miRNA)数据库19.0版终于在2012年8月1日正式发布了。相比于以往版本的数据库,19.0版数据库进行了巨大的数据更新:miRNA发夹前体序列已升至21264条,新增3171条;成熟miRNA升至25141条,新增3625条;已发布的miRNA序列共涵盖193个物种,相比于18.0版新增25个物种。新版数据库对miRNA序列注释和命名进行了系统的修正,miR*命名已经终止使用,取而代之的是-5p和-3p的命名法。19.0版数据库与以往版本的数据量比较请见下图(图已附在文末)。
新增成熟体miRNA在动物中最具代表性的有Homo sapiens [人]新增121条,Mus musculus [小鼠]新增124条,Gallus gallus [鸡]新增247条,Bos taurus [牛]新增79条。植物中增长最为显著的是Malus domestica [苹果]新增205条,Glycine max [大豆]新增160条,Populus trichocarpa [毛果杨]新增132条,Cucumis melo [甜瓜]新增117条,Oryza sativa [水稻]新增47条。第一次发布了Nicotiana tabacum [烟草] 165条成熟体miRNA。
更多最新Sanger miRBase 19.0版的miRNA序列信息,请浏览http://www.mirbase.org/cgi-bin/browse.pl。
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关于miRBase
miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息,详情请访问http://www.mirbase.org/。
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