创新参选:检测小分子量核酸的高效Southern Blotting

【字体: 时间:2012年09月04日 来源:生物通

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  在电泳中,使用不连续琼脂糖区带电泳,即可以有效地分离开不同分子量的小分子量核酸,同时保留了使用低浓度琼脂糖电泳的转膜高效性……

  

“赛默飞之生物通2012实验室创新技术大奖”评选活动开展以来,生物通已经陆陆续续收到不少项目,这些项目中有的能减少实验步骤,有的能降低实验成本,还有一些改进了实验设备,让我们的实验过程更加轻松。

生物通将会陆续公布一些项目,以便大家分享这些创新技术。同时为了感谢这些分享实验技巧的参选者,生物通也准备了一些精美礼品寄出,同时近期我们还将进行抽奖,以飨读者。

 

参选项目:检测小分子量核酸的高效Southern Blotting

背景:目前,尽管PCR的方法可以检测到基因组的改变,却不能够如实提供转基因拷贝数的变化,因此还不能够完全替代Southern Blotting。经典的Southern Blotting方法,仍然是对转基因和基因组的动态变化进行检测的关键方法。

但是对于检测小分量的核酸,通过高浓度的琼脂糖电泳后,对Southern Blotting的转膜是不利的,往往效率很低,而且耗时很长,需要多次更换上层的吸水纸。如何有效地分离小分子量的核酸,同时又不影响转膜,是个长期没有解决的问题。通过使用在本研究中原创的“不连续琼脂糖区带电泳”(discontinuous agarose zone gel,DAZG),较好地解决了这一问题。

方法改进:在电泳中,使用不连续琼脂糖区带电泳,即可以有效地分离开不同分子量的小分子量核酸,同时保留了使用低浓度琼脂糖电泳的转膜高效性。

结果:

对100到600碱基长度的DNA Marker,进行0.7%,1.5%,和DAZG胶的比较,发现DAZG胶的分辨率与1.5%的胶相当,远高于0.7%的胶。而进行Southern Blotting检测核小体DNA Ladder时,发现使用DAZG胶所得到的信号强度与0.7%的胶相同,远高于1.5%的胶。这一结果表明使用DAZG胶,能够同时保有对小分子量核酸的高分辨率和获得Southern Blotting高信号强度,是对经典的1975年发明的Southern Blotting方法和随后发明的Northern Blotting方法的重要补充。同时,在本研究中第一次发现了琼脂糖电泳中的一个物理规律:即在均匀电场中,不同分子量核酸的分辨率是由在电泳中最高解析介质的性质决定的,与低解析介质无关。

 

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