Molecular Cell杂志15周年 三篇重点综述

　　

生物通报道：Cell出版社旗下的Molecular Cell是分子生物学领域的老牌著名期刊了，最新影响因子为14.178，这家报道生命科学领域原创性令人振奋的科研成果和论文综述的期刊今年已经15岁了，在最新一期出版的杂志上公布了一篇主题文章，以及三篇重点综述，作为周年庆的第一部分：网络生物学的内容。

在主题文章中，编辑John W. Pham说道，回首这15年，往事历历在目，在这15年里，我们学会了许多，生物学领域不断扩展，变得越来越复杂，我们需要了解分子和途径如何相互作用，它们如何交融成一个网络，还有这些网络如何协调与被调控。因此首先我们的一个焦点就是“网络生物学”（Network Biology）。

这一专辑中包括三篇重点综述，首先Wendell Lim，北京大学汤超等人围绕“Design Principles of Regulatory Networks: Searching for the Molecular Algorithms of the Cell”，探讨了针对特殊细胞功能提出特定分子分析方法的想法，指出通过解构，识别出关键构架元件，并将其分类，就有可能构建出一种分析调控网络的分子工具包，以及可以用于生物合成的工具包。

生物学面临的一个挑战就是要了解细胞中复杂的分子网络如何执行各种精密的调控功能。作者认为，存在一些能将网络结构与生物学功能联系在一起的通用规律，整理调整这些规律，能用于完成某个指定的细胞任务。他们介绍了一些基于抽象体系结构和功能的分类网络的方法，指出，利用这种逆向的方法也许能拼接处核心分子算法，为构建合成网络和疾病网络提供指引。

其次以色列的科学家Yuval Hart和Uri Alon以“The Utility of Paradoxical Components in Biological Circuits”为题，描述了生物循环中的悖论和矛盾所在，讨论了这些特征如何被成功的用于功能性输出。

作者指出，在大型生物数据库，与更详细的结构、机制研究之间还存在一大鸿沟，不过近期的一些研究将系统数据和结构生物学方法整合起来，取得了一些新突破。

最后加州大学旧金山分校的Nevan Krogan等人，在“From Systems to Structure: Bridging Networks and Mechanism”这篇综述中，几种介绍了网络生物学与结构生物学之间的关联，指出这些不同的方法具有天然的协同作用，可以用于解析复制生物学现象。

生物循环中反复出现的一个主题就是拮抗双功能元件，从某种意义上来说，就是对同一靶标，或者生物进程同时具有两个相反作用的元件。比如双功能酶，就能对同一靶标进行磷酸化和去磷酸化两个相反的催化作用；既能激活，又能抑制基因的调控因子（不连贯反馈环路），还有指示免疫细胞增殖，和死亡的细胞因子。

这些元件被称为“自相矛盾”，在这一综述中，作者就总结了这些元件如何完成有效的功能，而其它的却不行。更重要的是，文章作者还介绍了这些自相矛盾的元件如何可以如何提供有力的时间脉冲，从而产生折叠式变化，由此生物环路是对相对，而不是绝对的信号变换产生应答。

除了这一部分内容，其后Molecular Cell杂志还将陆续推出“细胞持续性发展与动态平衡（Cell Sustainability and Homeostasis）”，“技术”专辑以及“基因表达与基因组整合（Gene Expression and Genome Integrity）”三方面内容。

（生物通：张迪）

专辑内容：

15th Anniversary Feature: Molecular Connections（free）

Part I: Network Biology

Editorial

Celebrating 15 Years of New Connections by John Pham.

Reviews

Design Principles of Biological Regulatory Networks by Lim and colleagues.

The Utility of Paradoxical Components in Biological Circuits by Hart and Alon.

From Systems to Structure by Krogan and colleagues.