罗氏实现更长读长的扩增子测序[新品推荐]

生物通报道 罗氏公司近日宣布在全球推出一款软件升级，可在454 GS FLX+ 系统上开展更长读长的扩增子测序。这一最新的2.9软件版本实现了长达800 bp扩增子的测序，同时维持了>99%的准确性。在早期试用阶段，长达1,100 bp的超长扩增子测序也曾成功开展。

长的扩增子读长有助于各种靶向测序应用的开展，包括人类基因测序和病毒耐药性研究以及微生物群落分析。在微生物研究中，人们通常对16S和18S rRNA基因进行靶向测序，以便对微生物进行准确的分类。而读长的扩展将实现单个读取中更多可变区的覆盖。这将让研究人员能够更精确地将微生物分类到属甚至种，从而有助于临床研究的开展。

通过读长的改进，研究人员能够利用较少的扩增子获得目标基因区域的更完整覆盖，这不仅简化了实验设计，还改善了测序结果的生物相关性。

罗氏测序解决方案的总裁Frank Pitzer表示：“这是我们不断努力，推动高质量、长读长测序进步的又一大步。”他还表示，他们也在积极努力，争取2014年在台式测序仪GS Junior上实现相同的长读长扩增子测序。

GS FLX+ 软件v2.9的早期试用测试是由宏基因组学研究领域的牛人科学家领导的。他们还为最新的长读长数据优化了目前流行的开源微生物群落分析工具QIIME和Mothur。

在微生物研究方面，Mothur软件是目前很受欢迎的数据处理平台，其开发者是密歇根大学的助理教授Patrick Schloss。他在试用了新版本的软件之后，认为它能让研究人员从16S rRNA基因扩增子中获得更长的序列读取，而不牺牲数据质量。“这对微生物生态学家而言是个重大的进步，因为能让他们更好地对数据进行分类，”Schloss谈道。

除了推进微生物方面的研究，GS FLX+长扩增子通过跨越更多的内含子和外显子，实现了人类基因中更全面的遗传变异检测。长读取也改善了较远变异的单体型分析，这对基因组中高度多态性区域的基因分型很关键，比如HLA基因。更长的扩增子读长也大大简化了测序实验设计、流程和分析，让之前存在的Sanger扩增子能直接过渡到GS FLX+系统。

罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。今年上半年，奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型，该平台已经于去年底通过欧洲认证，将纳入奥地利的医疗保险体系，用于病人移植前配型。此外，罗氏也提供基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型。（生物通 余亮）

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