Nature子刊解码中国仓鼠基因组

　　

生物通报道  在Alfred Pühler教授的领导下，来自比勒菲尔德大学生物技术中心(CeBiTec)的基因组研究人员，成功地对中国仓鼠（Chinese hamster）的基因组进行了测序。研究人员现将他们的结果发表了在国际期刊《自然生物技术》（Nature Biotechnology）杂志上。

CeBiTec科学主任Thomas Noll相信，他们获得的数据将引起科学和工业团体的兴趣。制药行业一直利用来自中国仓鼠的细胞培养物来生成诸如医用抗体等生物药品。“在未来，解码的仓鼠基因组将大大推动利用这些细胞系来生产药物制剂，”Noll说。

中国仓鼠基因组包含11对染色体。解码这样的大型基因组需要生成大的数据集，然后利用生物信息学对其进行处理。为了更容易地分析生成的数据，比勒菲尔德大学的研究人员和他们的同事，应用了一种全新的程序来对基因组单条染色体进行分类。CeBiTe的Karina Brinkrolf博士完成了对仓鼠染色体的测序。在新一代测序仪器的帮助下生成了超过14亿短DNA序列。

该项目的领导者Alfred Pühler教授说：“这一项目的主要挑战是随后将这些短DNA序列拼接在一起，形成一条总的染色体序列。”这项工作只能用功能强大的计算机来完成。该项目的参与者、生物信息学专家Alexander Goesmann博士说：“我们必须完成新的CeBiTec计算机集群，应用新软件才能确定这一基因组序列。通过解码仓鼠基因组序列，比勒菲尔德大学的生物信息学取得了新的突破。”具有大约23亿个碱基，中国仓鼠基因组序列的大小可与人类基因组媲美。

Alfred Pühler认为这项研究是CeBiTec研究工作的一项里程碑：“解码这一仓鼠基因组标志着一项重要的CeBiTec计划成功地完成。这一仓鼠序列可在公共领域获得，供全世界研究利用。”这一计划为当前针对中国仓鼠细胞培养物开展研究奠定了基础，大大提升了比勒菲尔德大学的地位。维也纳国家资源和生命科学大学、澳大利亚工业生物技术中心已同意开展进一步的研究项目。这将让比勒菲尔德大学处于极好的位置，为这一激烈竞争的研究领域继续做出贡献。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes

In recent years, the number of published genome sequences has increased substantially owing to major developments in next-generation sequencing (NGS) technologies, concomitant reduction of sequencing costs and improvements in assembly strategies. In 2011, your journal published the genome of Chinese hamster ovary (CHO)-K1 cells, the most frequently used mammalian production cell line for biopharmaceutical products……