Nature子刊：首次报道远古猪的部分基因组序列

最近，西班牙的一个研究小组，首次获得了远古猪的部分基因组序列。从西班牙东北部Montsoriu城堡遗址发现的一只16世纪的猪，所得到的数据表明，这只古老的猪与今天的伊比利亚猪关系密切。相关研究结果发表在最近的Nature出版集团旗下著名遗传学期刊《Heredity》。

　　

生物通报道：最近，西班牙的一个研究小组，首次获得了远古猪的部分基因组序列。从西班牙东北部Montsoriu城堡遗址发现的一只16世纪的猪，所得到的数据表明，这只古老的猪与今天的伊比利亚猪关系密切。研究人员还丢弃了“亚洲猪与现代伊比利亚猪杂交”的假说。

相关研究结果发表在最近的Nature出版集团旗下著名遗传学期刊《Heredity》，进一步阐述了猪物种的进化方面，特别是伊比利亚猪种，其被认为是欧洲地中海原始猪种群的代表。这项研究是由西班牙巴塞罗那自治大学（UAB）和农业基因组学研究中心（CRAG）的Miguel Pérez-Enciso带领。来自进化生物学研究所（CSIC-庞培法布拉大学）和国家基因组分析中心（CNAG）的研究人员，也参与了这项研究。

这一样品的日期大约是从1520年到1550年，在亚洲猪引入欧洲之前，后来亚洲猪与当地的欧洲猪品种（是今天国际猪种的起源种）杂交。样品猪与美国殖民地化的开始属于同一时期。

Miguel Pérez-Enciso称：“虽然这是一个非常分散的样品，但是基因序列提供了非常有趣的信息。首先，我们知道它不是白色猪，因为它缺少一个重复的KIT基因，该基因能使猪显示白色。这与那个时期的大多数绘画作品一致，在这些画面中动物总是被涂成黑色或红色色调。我们也能够确定，它与今天的伊比利亚猪关系非常密切，特别是‘Lampiño del Guadiana’品系。我们可以说，伊比利亚猪与第十六世纪存在的猪非常相似，其基因组没有发生很大的变化。因此，在我们能够区分现代种与远古种之前，还需要更多的研究。”

研究表明，这只猪是一只家猪，因为序列提出了一系列的家猪标记，这些序列在野猪（家猪的前体动物）中很罕见或者不存在；此外，这符合城堡的历史记录，记录清楚地表明，猪的育种是一个重要的城堡活动。然而，偶尔也有野猪和古代猪之间杂交的证据，如在野猪和伊比利亚猪之间发生的杂交。

Miguel Pérez-Enciso指出：“伊比利亚猪、欧洲野猪和古代猪之间的这种密切关系，如同以前的研究所述，亚洲猪和现代伊比利亚猪之间的异种交配并不存在，或者是微不足道的。”

这项研究还比较了古代猪样品与不同品种现代猪的基因组，包括Creole猪，有研究推测它是西班牙殖民者带到美国的猪的后裔。研究表明，这种假设是不正确的，在今天的Creole猪中，西班牙殖民者带来的那些第一批动物很少有剩余，它们主要与国际猪品种进行杂交。

（生物通：王英）

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生物通推荐原文摘要：
Genome data from a sixteenth century pig illuminate modern breed relationships
Abstract: Ancient DNA (aDNA) provides direct evidence of historical events that have modeled the genome of modern individuals. In livestock, resolving the differences between the effects of initial domestication and of subsequent modern breeding is not straight forward without aDNA data. Here, we have obtained shotgun genome sequence data from a sixteenth century pig from Northeastern Spain (Montsoriu castle), the ancient pig was obtained from an extremely well-preserved and diverse assemblage. In addition, we provide the sequence of three new modern genomes from an Iberian pig, Spanish wild boar and a Guatemalan Creole pig. Comparison with both mitochondrial and autosomal genome data shows that the ancient pig is closely related to extant Iberian pigs and to European wild boar. Although the ancient sample was clearly domestic, admixture with wild boar also occurred, according to the D-statistics. The close relationship between Iberian, European wild boar and the ancient pig confirms that Asian introgression in modern Iberian pigs has not existed or has been negligible. In contrast, the Guatemalan Creole pig clusters apart from the Iberian pig genome, likely due to introgression from international breeds.