什么？多倍体、同源性高的SNP位点也能做！

KASP，竞争性等位基因特异性PCR，可谓是众多SNP分型技术中的一批黑马，并迅速占领市场，以其位点设计的强灵活性、分型结果的高准确性为学者所知，今天小编给大家仔细讲讲KASP技术位点设计方面的灵活性都具体表现在哪些方面。

1. 引物设计方向上（这一部分简单介绍）

KASP技术会设计两条特异性引物和一条反向通用引物，前者用于竞争性识别SNP的两个等位，如下图所示：

 
重点在于识别SNP位点的碱基位于引物的一端，也就是说如果SNP上游序列无法设计特异性高、GC含量适中的引物，可以考虑在SNP的下游设计两条特异性引物，将通用引物设计在SNP上游，也就是下图所示（请忽略具体序列）：

 
下面重点介绍同源性高、多倍体物种如何设计高特异性的引物

Anchoring site，锚定位置，也就是说寻找目标序列中的独特碱基，设计在引物中，提高引物对目的序列的识别度，提交序列时如下图所示：

 
注：”< >”符号标示anchoring位点，且建议anchoring位点距离SNP不超过70bp，一条序列中可设计多个anchoring

Option 1：高度同源性

我们将目标序列进行Blast时，发现同源性特别高，如下图所示：

 
**条序列中的“K”（T/G二等位）是目的SNP位点，Blast比较可以看出下游的“G”碱基是其特有的，也就是说该碱基可作为此目标SNP序列的anchoring位点，那么提交序列时，请参考下图：

 
Option 2：多倍体

对于多倍体物种，如下图所示，小麦拥有A、B、D三套基因组，故欲研究具体某套基因组中SNP的分型情况更是需要通过严格的序列对比，找出anchoring位点，提高引物特异性。

 
上图中可以看出D和B基因组中在同一位置存在“S”（C/G二等位）多态，但在D中，该SNP位点的上游存在特异的“C”碱基，而在B中，SNP位点的下游区域存在特异的“T”碱基，也就是这两个位点可分别作为这两套基因组的anchoring碱基，序列提交如下图所示：

如此强悍的技术怎能没有靠谱的服务呢？

上海贝晶生物技术有限公司（Shanghai Baygene Biotechnologies Company Limited）是基因集团（Gene Group Holdings）全资子公司。位于上海闵行区紫竹国家高新区，拥有1300多平米标准化的研发及生产区域，强大资深的生信分析团队及实验技术人员，专注为广大科研工作者提供基因分型、生物芯片等前沿实验室技术服务。

话不多说，咱们直接看看针对多倍体物种，我司KASP服务真实结果（已征求客户同意）：

 
上图是六倍体小麦SNP位点分型结果，三型独立，分型明确，call rate高达100%；

 
上图是四倍体棉花SNP位点分型结果，三型独立，分型明确，call rate高达100%，也就是说KASP技术+贝晶生物强强联合，即使是复杂基因组物种SNP分型，那都不是事儿～

欲了解我司KASP SNP分型服务，欢迎联系下方负责人：

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