刚果金再现埃博拉疫情，iSeq测序仪协助应对

iSeq™ 100测序系统于今年年初推出。它结合了Illumina成熟的边合成边测序（SBS）技术以及互补金属氧化物半导体（CMOS）检测技术，代表了与以往完全不同的架构，在产出高精度数据的同时成本大大下降。如今，这台小巧的测序仪已经在现场检测中发挥作用啦。

不久前，美国陆军传染病医学研究所（USAMRIID）的Mike Wiley和Catherine Pratt携带了iSeq 100测序仪及另外8箱实验室设备，飞往刚果民主共和国的首都金沙萨。这个国家正在暴发埃博拉病毒病（EVD）疫情，截至11月12日已经出现329起确诊病例，其中205例死亡。

在刚果（金）国家生物医学研究所（INRB）的所长Jean-Jacques Muyembe的协助下，Mike Wiley迅速建立起一个功能齐全的测序基地。他接通iSeq 100的电源，进行系统检查，并立即开始处理样本。

除了少数实验室停电外，iSeq正在全力运行，利用靶向富集策略开展端对端的新一代测序反应，这种策略结合了RNA-seq样本制备和溶液型的杂交富集反应。在开展测序的同时，Catherine Pratt正在对当地的科学家进行培训，让他们掌握测序技术和操作。这些工作产生了高质量的准确数据，可鉴定导致埃博拉疫情暴发的菌株。

今年5月，疫情最早在刚果（金）赤道省的一个名叫比科罗的小乡镇暴发。到7月时，赤道省共有54人感染埃博拉病毒，其中33人丧生。之后，人们都松了一口气，宣布疫情结束。没想到仅仅过了一周，赤道省以东2000公里的北基伍省出现了第二次暴发。

国家生物医学研究所的现场测序设施这下子发挥了重要作用。Muyembe博士及其团队在收到样本四天后，就能够生成可行动的数据。数据表明，北基伍省的暴发与之前赤道省的暴发无关。

研究人员认为，iSeq 100测序仪提供了及时、关键的信息，能够帮助科学家确定应对疫情的下一步措施。来自iSeq的高质量且准确的测序数据，结合大量的流行病学分析，让当地的科学家能够分析埃博拉病毒的传播模式并追踪暴发的起源。他们认为，Illumina技术有助于高效应对这一公共卫生危机。

Wiley的目标是在整个非洲建立一个科学家网络，以便能够在当地对流行病迅速地做出反应。“这样，您不需要将样本送到基因组中心来进行这项工作，测序范围因而大大扩展。目前处理样本的方案和试剂更加用户友好，而且测序仪更便携。这一切都使得数据和结果更快地生成，让NGS成为应对疫情的另一个工具，”他说。（生物通 薄荷）

参考资料

The Power and Portability of the iSeq