海底总动员：小丑鱼的基因组测序

　　

《海底总动员》是一部温馨的合家欢电影。勇敢的尼莫（Nemo）、健忘的多莉（Dory）等形象都深受人们喜爱。如今，阿卜杜拉国王科技大学的研究人员真的来了一次海底总动员。他们对橙色小丑鱼的基因组进行了测序和组装。

这项成果于9月发表在《Molecular Ecology Resources》杂志上，论文标题竟然沿用了电影名称，以“Finding Nemo’s Genes”开头，不知编辑看了是否会加分。

橙色小丑鱼的学名是海葵双锯鱼（Amphiprion percula）。众所周知，小丑鱼与海葵是一对好朋友。海葵的触手有毒，让大多数鱼类不敢靠近，而小丑鱼却可以自在地游进游出。海葵不但保护小丑鱼，还给它们提供食物。小丑鱼则帮助海葵清理卫生。

橙色小丑鱼不仅是地球上最广为人知的珊瑚鱼，也是目前研究最多的鱼类之一。这项研究的共同作者、澳大利亚詹姆斯库克大学的Philip Munday教授表示：“这个物种对珊瑚鱼生态、环境和进化方面的研究至关重要。”

此外，小丑鱼还是研究鱼类性别变化的模型。让人惊讶的是，小丑鱼竟然会转换性别。当群体中的雌性缺失时，雄鱼就将性别转化为雌性，并且这个过程不可逆。而最大的小型雄性小丑鱼，则会迅速成长为性成熟的雄性种鱼，从而达到繁殖的目的。

Munday教授及其同事利用Pacific Bioscience的单分子实时测序（SMRT）技术对当地水族馆中养殖的橙色小丑鱼进行测序，这些小丑鱼来自澳洲大堡礁。测序覆盖度达到58倍。SMRT技术产生了初步的基因组组装，由1,414个contig组成，而contig N50长度为1.86 Mb。

之后，研究人员又利用Hi-C染色质图谱分析技术，将98%的基因组组装放置到24条染色体中，产生了长度达到908.8 Mb的最终组装，其中contig和scaffold N50分别为3.12和38.4 Mb。

研究人员估计，小丑鱼总共有26,597个蛋白质编码基因。阿卜杜拉国王科技大学的Timothy Ravasi教授认为：“这对于研究界来说是一种极其宝贵的资源，它将让橙色小丑鱼成为遗传学和基因组学研究的理想对象。”

詹姆斯库克大学的David Miller教授则对PacBio测序技术赞不绝口。“这是有史以来最完整的鱼类基因组之一，”他谈道。“利用PacBio单分子实时测序技术，我们才能获得如此优异的结果。”（生物通 薄荷）

原文检索

Finding Nemo’s Genes: A chromosome‐scale reference assembly of the genome of the orange clownfish Amphiprion percula