个性数据挖掘用华大基因Dr.Tom，轻松发5分文章

Dr.Tom多组学数据挖掘系统已经为超过8000位科研用户带来了颠覆性的数据挖掘方法。原本复杂难学的个性化分析，只要鼠标一点就能瞬间轻松实现。今天就让科技君深度解析最新一篇利用Dr.Tom来帮助挖掘转录组数据的文章。该研究来自于厦门大学附属第一医院徐兵教授团队，近期发表在Clinical Epigenetics杂志上。

文章题目：Co-inhibition of HDAC and MLL-menin interaction targets MLL-rearranged acute myeloid leukemia cells via disruption of DNA damage checkpoint and DNA repair.

发表期刊：Clinical Epigenetics

影响因子：5.496

发表单位：厦门大学附属第一医院等

发表时间：2019年10月7日

原文链接：

https://clinicalepigeneticsjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13148-019-0723-0

研究目的

研究chidamide和MI-3（以下简称为C和M）两种抑制剂，协同治疗混合系白血病（MLL）基因重组的预后不良的机制。

实验设计

24个样品=4组*3个重复*2个时间。

C和M，处理MLL重组的白血病细胞，加M单药组、加C单药组、加M+C联合组及对照，共4组，每组3个重复，处理24和48小时。

华大DNBSEQ平台*转录组测序。

怎样用Dr.Tom做数据挖掘

1. 想找处理后有哪些变化的通路？从KEGG富集入手。KEGG富集分析显示C和M联合时，最显著改变的通路，有细胞周期、DNA复制和修复通路。

图1 A和B分别是处理24、48小时KEGG富集分析

2. 想知道哪种处理效果更明显，引起上面的通路变化？用小工具做GSEA。GSEA分析进一步显示这些改变绝大多数源于C，而非M（图2B是C处理）。

图2 C处理下的GSEA分析

3. 想找各处理下差异表达基因交集？从维恩图入手。不同处理下差异基因维恩图，有635个基因在三种处理下都表达（图3C）。

这些基因在各处理下都是一致上调/下调吗？点击图中心，获取基因集，小工具做热图。59个基因表现不同趋势（图3D方框所示），M处理下调，C处理或M+C处理上调。

如何把上面不同趋势的基因再筛出来？图上框选，获取基因集，小工具做热图。热图（图3E）与第2点结果相印证。

图3 C三种处理在48小时差异基因维恩图，D共有基因聚类热图，E各处理下表达趋势不同的59个基因聚类热图

4. 想知道上一步获得基因有什么功能？选小工具分别做GO和KEGG富集。GO和KEGG分析（图4D和E）发现这些基因涉及关键生存信号通路，炎症反应必需的细胞因子通路。

图4 D和E分别是59个基因的GO和KEGG分析

5. 想再从中继续筛选寻找关键基因？表格扩展列勾选不同组表达量，调整筛选条件，选小工具做热图。继续设置表格筛选条件：同时至少满足单药组2倍下调，联合组4倍下调，得到4个基因做热图（图5A），与DNA损伤应答有关。

图5 4个关键基因聚类热图

Dr.Tom更多亮点

作为一款集大数据分析及智能技术于一体的一站式个性化分析系统，Dr.Tom分析项目超过6500个，覆盖超过8000名科研人员。原来需要反复沟通数天才能获得的结果，Dr.Tom只需要简单几步点击就能实现，让个性化分析随心所欲，大大加速科研进程。

此外，Dr. Tom还有很多强大功能值得慢慢挖掘，比如下面两个亮点，就让数据挖掘的维度更丰富了——

亮点1 增强版GSEA分析工具

Dr.Tom GSEA富集工具，不仅能做人的，多种物种都已经帮您准备好。领头基因集可以一键获取，鼠标移到相应区域即可显示。另有11款分析工具任意调用，实现多组学数据循环挖掘。

图6 GSEA富集结果图（粉色区域显示的是领头基因集，可一键点击获取，进行数据循环挖掘）

亮点2 表达和功能一图展示

Dr.Tom差异基因聚类热图，不仅能自由框选基因集，还能添加KEGG、GO、COG等多种数据库注释，TCGA和ARCHS4数据库以及基因属性等，一图展示多维度信息。

图7 Dr.Tom差异基因表达热图一图展示多维度信息

再次祝贺徐兵教授及团队，科技君期待未来和更多老师们一起用Dr.Tom创造更多研究成果！

*注：BGISEQ-500、MGISEQ-2000等华大自主测序平台都是基于DNBSEQ™技术，所以统称为DNBSEQ平台。