实时跟踪腺苷酸激酶的ATP结合反应

实时跟踪腺苷酸激酶的ATP结合反应

　　

摘要

蛋白质的生物功能主要依赖于天然结构固有的动力学。这种结构动力学遵循预先确定的顺序和时间来执行特定的反应。确定关键结构重排的协同性需要实时监控蛋白质反应。在这项工作中，我们使用时间分辨x射线溶液散射（TR-XSS）来可视化结构的变化大肠杆菌腺苷酸激酶（AdK）酶对激光诱导ATP底物的激活作用。一个4.3ms的中间产物显示了ATP和AMP结合域的部分关闭，这表明这是一种合作的闭合机制。ATP结合域也显示了Arg的局部去折叠和断裂¹³¹-Asp¹⁴⁶盐桥。核磁共振波谱数据表明在精氨酸中也有类似的展开¹³¹Ala-AdK突变体，以封闭的底物结合构象进行复性。所观察到的结构动力学与一种“裂解机制”相一致，该机制被认为是蛋白质的整体结构转变的基础，例如蛋白质中的同种异体结构。