参照基因组比较发现206个基因的外显子组变异差异

美国贝勒医学院(Baylor College of Medicine)人类基因组测序中心(Human Genome Sequencing Center)的研究人员发现了hg19和hg28参考基因组之间的遗传变异差异，为实验室利用改进的人类参考基因组提供了指导。

　　

休斯敦-(2021年6月14日)-自人类基因组计划绘制整个人类基因组以来的20年里，技术的进步帮助开发了用于测序的参考基因组。但是，尽管GRCh38 (hg38)人类参考基因组是7年前发布的，更老的GRCh37 (hg19)参考基因组仍然被大多数研究和临床实验室广泛使用。在《美国人类遗传学杂志》(American Journal of Human Genetics)上发表的一项新研究中，贝勒医学院(Baylor College of Medicine)人类基因组测序中心(Human Genome Sequencing Center)的研究人员确认了两种参考基因之间的基因变异差异，为实验室利用改进的人类参考基因组提供了指导。

该研究的第一作者之一、贝勒大学医学科学家培训项目的学生莫伊斯·达伍德(Moez Dawood)说:“更新基因组测序资源以使用hg38参考，这是一个巨大的推动，因为人们相信hg38比hg19有了显著的进步。”“我们想为仍在使用hg19的实验室确定两个参考文献测序结果的差异。”

贝勒研究人员分析了来自贝勒-霍普金斯中心孟德尔基因组项目的1500多名参与者的外显子组测序样本。他们发现了206个hg19和hg38之间的不一致变异基因，包括8个与孟德尔病有关的基因和53个与常见疾病表型有关的基因。他们发现73%的不一致变异聚集在已知组装问题的基因组片段内，研究人员称之为不一致参考补丁(discondant Reference Patches, discrete)。

“这项研究不是对两个参考文献的理论比较;我们观察了研究参与者的外显子组数据，并检查了使用最新参考对孟德尔基因和致病变异的影响，”该研究的资深作者、人类基因组测序中心助理教授Aniko Sabo博士说。“我们想提供富含不一致变异的206个基因的列表，并让研究这些基因的实验室注意到这个问题。”

”206个基因的变异解释为不和谐的变异丰富,参考组装差异应该占在分析,特别是起重变体坐标从一个引用,”博士说他李,co-first这项研究的作者和贝勒的博士后研究。

从使用hg19引用过渡到使用hg38引用需要大量的时间和资源。通过对测序数据的大规模研究，研究人员的目的是减轻考虑这种转变的实验室的负担。该研究量化了新参考文献的优点和缺点，并验证了其在实验室环境中的实用性。

“这是一个更好的参考。将其整合到有用的实践中完全是另一回事，”该研究的资深作者理查德·吉布斯博士说，他是人类基因组测序中心主任、沃福德·凯恩主席和贝勒分子与人类遗传学教授。“一些实验室一直在犹豫是否使用新的参考资料，但这项研究为那些正在考虑转移的人提供了安慰和指导。”