终于等到了!新冠病毒变种的低成本监测方法

【字体: 时间:2021年06月24日 来源:生物通

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  SARS-CoV-2基因组的全球监测,通过具有成本效益的方式对许多样本进行测序和分析至关重要。因此,瑞典卡罗林斯卡学院Bienko-Crosetto实验室和SciLifeLab的研究人员开发了一种名为COVseq的新方法,可用于大规模低成本监测病毒基因组。

  

瑞典卡罗林斯卡医学院的研究人员开发了一种技术,可以对SARS-CoV-2 新变种的全球传播进行经济有效的监测。

这一技术发表在Nature Communications杂志上。

自大流行开始以来,已经对数千个病毒基因组进行了测序,重建冠状病毒的进化和全球传播过程。这对于识别对现有疫苗更具传染性、致病性或耐药性的变异尤其重要。

对SARS-CoV-2基因组的全球监测,通过具有成本效益的方式对许多样本进行测序和分析至关重要。因此,瑞典卡罗林斯卡学院Bienko-Crosetto实验室和SciLifeLab的研究人员开发了一种名为COVseq的新方法,可用于大规模低成本监测病毒基因组。

首先,病毒基因组的许多拷贝是使用多重PCR创建的。然后使用 Bienko-Crosetto 实验室开发的方法将样本标记合并到同一个测序文库中,现在该方法正在用于 SARS-CoV-2 分析。

“通过以非常小的体积进行反应,并将数百个样本汇集到同一个测序文库中,我们每周可以对数千个病毒基因组进行测序,每个样本的成本不到 15 美元,”文章一作,该研究所的博士后研究员 Ning Zhang 说。

对29个 ARS-CoV-2 阳性样本的比较分析表明,COVseq具有与标准方法相似的识别基因组微小变化的能力。对另外 245 个样本的分析表明,COVseq 还具有检测潜在关注紧急冠状病毒变体的高能力。COVseq 相对于现有方法的主要优势是成本效益。

“我们的廉价方法可以立即被公共卫生机构用于 SARS-CoV-2 基因组监测,也可以很容易地适应其他RNA 病毒,例如流感和登革热病毒,”医学部高级研究员 Nicola Crosetto 说。

(生物通:万纹)

原文标题:

COVseq is a cost-effective workflow for mass-scale SARS-CoV-2 genomic surveillance

 

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