10x Genomics推出适用于FFPE样本的空间转录组学产品

【字体: 时间:2021年07月02日 来源:生物通

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  Visium FFPE 空间基因表达解决方案能够突破FFPE组织切片以往无法实现空间基因表达分析的障碍,释放那些隐藏在样本中的海量信息。

10x Genomics的Visium空间基因表达技术自2019年推出以来,大受研究人员的欢迎。它将全转录组分析与形态学背景相结合,有助于全面了解疾病复杂性,鉴定新的细胞类型和状态,并定位细胞图谱的空间结构。

不过,Visium空间基因表达技术最初只适用于新鲜冻存样本,但世界上约有数十亿份组织样本保存在医院或样本库中,其中绝大多数是FFPE样本。于是,人们也希望将Visium技术应用在FFPE样本上。如今,大家期盼已久的Visium FFPE空间基因表达解决方案终于来了。

Visium FFPE 空间基因表达解决方案能够突破FFPE组织切片以往无法实现空间基因表达分析的障碍,释放那些隐藏在样本中的海量信息。它将组织学技术的优势与RNA测序的发现能力融入FFPE组织样本中,是对病理学家主导的传统分析的很好补充。

福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)是保存组织的常用方法,但这种处理过程会损害RNA,让转录组学分析变得更复杂。为了解决这个问题,10x Genomics开发出全新试剂,能够应用于FFPE组织,而灵敏度和空间分辨率与新鲜冻存组织相似。它能够从空间上分析人和小鼠FFPE样本中超过18,000个基因的RNA表达。

现在来看个例子,利用Visium FFPE 空间基因表达解决方案来分析两年之久的乳腺癌FFPE样本。在H&E染色的图像(A)上叠加Visium FFPE全转录组分析数据,此处显示了全部基因(B)和斑点聚类分析(C)。图中还显示了三个关键的乳腺癌基因的表达水平和空间分布(D):ERBB2(HER2)、孕激素受体(PGR)和雌激素受体(ESR1)。

如今,多家研究机构正在评估Visium FFPE,包括南加州大学凯克医学院、匹兹堡大学医学中心和Wellcome Sanger研究所。10x Genomics的首席科学官Ben Hindson表示:“我们全新的Visium FFPE空间基因表达是一项开创性技术,将帮助科学家更好地了解生物学过程和疾病。”

Visium FFPE试剂盒于6月上旬开始发售,包含了对人类FFPE组织切片进行全转录组分析的所有试剂和耗材,分为4次反应和16次反应两种规格。小鼠转录组分析的产品也同时接受预订。

欢迎索取 Visium FFPE 空间基因表达解决方案的技术资料

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