在魔力红乐队下场后,PacBio推出了两款新的测序仪

【字体: 时间:2022年10月27日 来源:生物通

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  PacBio在本周于洛杉矶举行的ASHG年会上宣布推出两款新仪器。第一款是名为“Onso”的短读长测序平台;更大的惊喜来自全新的长读长测序平台Revio的推出,它将取代现有的主力仪器Sequel IIe。

今年已经有足够多的新一代测序(NGS)产品推出,甚至让基因组学的爱好者头晕目眩。然而,以高精度、长读长和昂贵测序而闻名的PacBio Biosciences(PacBio)公司却一直保持安静。直到现在。

在本周于洛杉矶举行的美国人类遗传学会(ASHG)年会上,PacBio公司发布了新消息,正如其首席执行官Christian Henry所说的,这是“公司历史上最大的飞跃”。周二晚上的发布派对更是热闹非凡,压轴出场的是魔力红乐队(Maroon 5)。(令Henry沮丧的是,酷玩乐队超出了PacBio的预算。)

在活动期间,PacBio宣布推出两款新仪器。第一款是名为“Onso”的短读长测序平台,它为他们现有的长读长产品增加了一个新维度。去年,PacBio收购了Omniome公司及其短读长技术sequencing by binding(SBB),自此人们就对这一消息充满期待。因此,Onso的推出并不让人感到意外。

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PacBio的长读长测序系统Revio

更大的惊喜来自全新的长读长测序平台Revio的推出,它将取代现有的主力仪器Sequel IIe。PacBio表示,Revio的测序通量比Sequel IIe系统高15倍。它基于同样的HiFi测序技术,精确度非常高,并且能够直接检测甲基化和结构变异。新平台将帮助PacBio进入群体规模基因组学,其基因组测序成本低于1000美元。

当魔力红乐队走下舞台时,PacBio开始销售Revio,并将在明年第一季度开始发货。这些平台没有展示在舞台上,Henry开玩笑说,他们不希望被魔力红乐队碰坏了。

新旧仪器的区别在于SMRT Cell经过重新设计。Revio的SMRT Cell在密度上达到Sequel IIe的三倍,拥有2500万个ZMW,这意味着在芯片上可同时观察更多的单分子。Revio还能够同时并独立使用四块芯片。总的来说,该仪器可以同时提供1亿个ZMW进行单分子实时测序。

Henry提到,Revio的运行速度比Sequel IIe快20%(24小时 vs. 30小时)。他指出,它拥有足够高的通量,让中等规模的实验室能够开展1万个或2万个样本的项目。这在Sequel IIe上是不可能实现的。目前,Sequel IIe每年可以测序50个到60个人类基因组;Revio则将这个数字扩大到每年1300个基因组。

Revio的大小与Sequel IIe完全相同。2022年购买Sequel IIe的客户将有资格享受折扣。每个基因组的耗材成本为995美元。从Sequel IIe到Revio,读长并没有改变,仍保持在15-20 kb左右。

Onso测序系统每次运行可提供5亿条reads。两个配套的试剂盒是配对150 bp reads和单端200 bp reads。不过他们也推出了试剂盒,让现有的文库(Illumina文库)适用于Onso。本周,Broad研究所、康奈尔威尔医学院和Corteva Biosciences公司开始了Beta试验。对于客户来说,Onso将在明年上半年开始发货。

客户为什么会选择Onso,而不是其他的短读长测序平台?PacBio认为,Onso有着同样的精度,而且价格非常有竞争力。更准确的测序意味着更少的测序,这是经济有效的。

该公司还宣布转向GPU,在Revio系统上安装了6个Nvidia GPU。Henry说,这使得Revio可以实时处理所有数据,而不必进行任何离线分析。此外,该公司还宣布与Google Health建立合作关系,将他们的深度共识算法集成到系统中。Henry说,他们是“第一个将Google Health直接集成到测序仪中的产品。”

与 Sequel IIe 系统相比,Revio 系统将耗材的使用量减少了一半,并在工作流程和便利性方面进行了重大改进。他们的另一项环保举措是减少了对氮气的需求。(Sequel IIe不断输出氮气以保护DNA。)不过,新设计的SMRT Cell消除了对氮气的需求。

Henry表示,Revio和Onso是“最佳组合”。凭借PacBio的基础设施、供应链、服务和支持,他认为他们“在未来几年会有非常明显的增长前景。”

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