研究发现与大多数侵袭性肾癌相关的基因

　　

HSE研究人员发现了透明细胞肾癌最具侵袭性亚型的基因特征。在研究了来自456名患者的肿瘤样本数据后，Grigory Puzanov, HSE计算机科学学院国际生物信息学实验室的研究员，确定了与疾病的有利或不利过程相关的癌症亚型。这篇论文发表在《科学报告》上。

透明细胞肾癌(ccRCC)是最常见的肾癌亚型，患者5年生存率为60% - 70%，近几十年来新增病例数量呈上升趋势。尽管有大量关于这种疾病的数据，但很少有关于特定人类基因的信息，可以帮助预测其临床过程。

普扎诺夫的研究结果揭示了哪些ccRCC亚型比其他亚型更危险，以及哪些人类基因似乎对疾病的进展负有责任。这一新信息对于早期发现侵袭性肿瘤和为ccRCC患者设计个性化治疗方案具有重要意义。

作者分析了来自癌症基因组图谱(TCGA)的456个未进行放疗或额外药物治疗的肿瘤样本的数据。采用k-means方法将样本聚类为具有相似特征的子组，识别出具有不同生存率的子类型。为了进行基因聚类，Puzanov在ccRCC中选择了2000个表达模式高度可变的基因。

基因表达是基因被读取和复制以产生信使RNA (mRNA)的过程，信使RNA随后被用来合成蛋白质。

生物信息算法运行了100次，每次都根据2000个基因表达模式的相似性对肿瘤样本进行分类。确定了三种生存率不同的聚类(亚型)。生存率最低的集群与转移相关，后续治疗反应最差。

这项研究分几个阶段进行。在第一阶段，为了更好地了解可能影响疾病进程的遗传因素，研究了每个集群的特征。然后，研究作者确定了高生存集群和低生存集群的关键基因，并构建了合成由这些基因编码的蛋白质的相互作用网络。

普扎诺夫的分析确定了哪些基因编码的蛋白质具有最多的网络连接。研究发现，存活率最低的簇与MFI2、CP、APOB和ENAM基因有关，这些基因已知参与胰岛素样生长因子(一种结构类似于胰岛素的蛋白质)的运输和蛋白质的翻译后修饰。此外，特异性的低生存亚型是编码与凝血相关的纤维蛋白原和凝血酶原的基因(FGA、FGG和F2)。

“其中一些关键基因可能会影响抗肿瘤疗法的疗效。例如，CP、FGA和FGG基因活性的增加与nivolumab的不良反应有关，APOB和ENAM的高表达预示着舒尼替尼的无反应。这些知识可以帮助为恶性肿瘤患者制定最合适的靶向治疗方案”——Grigory Puzanov, HSE大学计算机科学学院国际生物信息学实验室研究员

据研究人员称，联合使用传统的抗肿瘤药物和抗凝血剂(有助于防止血液凝结的药物)可以提高癌症治疗的有效性。因此，有证据表明，通常用于治疗癌症患者血栓栓塞事件的肝素有助于患者的生存，并具有抗转移活性。

文章标题

Identification of key genes of the ccRCC subtype with poor prognosis