与出生缺陷儿童癌症风险增加有关的潜在基因变异

研究人员已经确定了几种与非染色体出生缺陷儿童癌症风险增加有关的基因变异，如先天性心脏病和中枢神经系统缺陷。虽然患癌症的风险不像有染色体出生缺陷的儿童那么高，但却明显高于完全没有出生缺陷的儿童，这一发现可能为这些研究不足的患者的早期检测提供了基础。

　　

来自费城儿童医院(CHOP)的研究人员发现了几种与非染色体出生缺陷儿童癌症风险增加相关的基因变异，如先天性心脏病和中枢神经系统缺陷。虽然患癌症的风险不像有染色体出生缺陷的儿童那么高，但却明显高于完全没有出生缺陷的儿童，这一发现可能为这些研究不足的患者的早期检测提供了基础。

研究结果最近发表在《生物标记物研究》杂志上。

有出生缺陷的儿童更容易患癌症，这种癌症风险的增加会持续到成年。先前的研究表明，有染色体出生缺陷的儿童，如唐氏综合症和克氏综合症，被诊断出癌症的可能性是没有任何出生缺陷的儿童的11倍多。然而，有非染色体出生缺陷的儿童被诊断出癌症的可能性是没有出生缺陷的儿童的2.5倍。在美国，每年每33个新生儿中就有1个出现任何类型的出生缺陷，这种风险的增加涉及大量儿童。

非染色体出生缺陷的潜在遗传学尚未得到详细研究。CHOP的应用基因组学中心(CAG)的研究人员想要确定在其中起作用的分子机制，并潜在地识别出可能导致这些患者癌症早期识别的遗传线索。

“作为Gabriella Miller Kids First项目的一部分，我们在儿童中聚集了一个最大的儿童肿瘤和出生缺陷项目，这有助于发现儿童癌症和结构性出生缺陷的新见解，”Hakon hakon纵火博士说，他是CHOP的CAG主任和该研究的高级作者。“通过这种合作关系，我们试图根据我们在这项研究中发现的突变来确定功能分子途径。”

在这项研究中，研究人员使用了从儿童第一数据资源中心获得的1653名无染色体异常个体的血液样本的全基因组测序数据。这些样本包括541个有至少一种恶性肿瘤的出生缺陷先证者——一个家庭中第一个接受遗传咨询或疾病遗传风险检测的人，767个没有恶性肿瘤的出生缺陷先证者，以及345名作为上述先证者父母或兄弟姐妹的健康家庭成员。此外，一旦变异被确定，来自数据资源中心以外的40名出生缺陷先证者的全基因组测序数据，包括至少一种癌症的25名患者，被用于进一步验证研究。

这项研究发现了数千个值得关注的变异，包括119个编码区至少有两个变异的基因——基因的编码区最终将被转录并翻译成蛋白质来执行基本功能——以及478个非编码区至少有20个变异的基因。特别是五个基因——AXIN2、BMP1、CR1、ERBB2和RYR1——与出生缺陷和癌症风险增加有关。此外，研究人员建立了一个深度学习模型来评估在Kids First队列中识别的兴趣变量，并与40个验证样本进行比较，发现它们达到了大约75%的准确率，对于与非编码区域相关的变量，准确率更高。

对这些数据的进一步详细分析可以识别出基因和非编码突变，这些基因和非编码突变不仅会导致特定的出生缺陷，还能识别出他们更容易患哪种癌症，以及这种风险是在儿童时期还是成年时期更明显。

Hakonarson说:“虽然还需要更多的研究来深入研究我们所发现的感兴趣的变异，但这项研究代表着在早期发现患有非染色体出生缺陷的癌症儿童方面迈出了关键的一步。”

测序数据是通过Gabriella Miller儿童优先儿科研究项目联盟(儿童优先)提供的，由国家卫生研究院主任办公室共同基金支持。这项研究由行政长官及行政长官联署向行政长官及行政小组委员会提供院校发展基金资助。