CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者!

—— 全新推出DRIP-Seq,把握R-Loop研究的新方向!

【字体: 时间:2022年12月05日 来源:数谱生物

编辑推荐:

  哺乳动物基因组约5%的区域存在R-loop,其在调节基因表达、DNA复制和DNA与组蛋白修饰等方面有重要作用。DRIP-seq服务采用高特异性抗体,精准富集含有R-loop结构的断裂染色体片段,通过DNA测序对全基因组R-loop分布信息进行丰富有效的分析。

R-loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构。R-loop分布广泛,占哺乳动物基因组的 5%,经常出现在基因组的启动子CGI和转录终止位点。已有研究表明,R-loop在调节基因表达、DNA 复制以及 DNA 和组蛋白修饰等方面均发挥着重要作用,具有重要的生物学功能。

Nat Genetics (IF 38.33): Antisense lncRNA通过形成R-loop影响coding RNA转录

Antisense lncRNA是与coding RNA转录方向相反,转录位置部分重合的长链非编码RNA,通常可以顺式调控临近coding RNA的转录。2019年Nature Genetics发表的文章发现,antisense lncRNA TARID通过形成R-loop影响临近coding RNA TCF21启动子去甲基化,进而调控TCF21表达和癌症进程。

TCF21是与一种抑癌基因,在多种癌症中表达下调,它具有头对头反义lncRNA TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)。TARID转录过程会在TCF21启动子附近形成R-loop,被R-loop识别蛋白GADD45a结合,GADD45a进而招募去甲基化酶TET1,促进DNA去甲基化来增强TCF21转录,影响细胞周期。


Antisense lncRNA TARID通过形成R-loop调控TCF21启动子DNA去甲基化及转录

DRIP-seq全新发布!

DRIP-seq(DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)利用特异性识别DNA:RNA杂合链的S9.6抗体对包含R-loop结构的 DNA 链进行富集,后续通过DNA测序来实现 R-loop分析,侧重于通过NGS在基因组水平上检测R-loops结构的分布,并通过生物信息学分析在不同的领域从中挖掘出更多有用的信息。

DRIP-seq优势

▪ 严格的质控体系:设置阴性对照组和阳参,以控制文库质量。
▪ 稳定性高:实验操作稳定性高,减少实验操作带来的误差。
▪ 灵活度高:能够直接对有基因组信息的物种进行R-loop测序。
▪ 提供数据可视化,丰富的注释信息与文章发表级别的图谱

康成生物/数谱生物全新推出DRIP-Seq技术服务!欢迎了解更多:www.aksomics.com,或拨打数谱生物热线400-886-5058/021-64451989

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 仪器云展台 | 实验云展厅 | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 免费试用 | 有奖调研

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号