单细胞样本处理受限?全新技术助您突破阻碍:先固定,再分析!

【字体: 时间:2022年12月07日 来源:10x Genomics

编辑推荐:

  在这篇文章中,您将快速了解这种方案如何帮助您获取更多样本,让您既可以按照计划处理样本,又能够在整个存储和运输过程中维持样本质量,并达到商品化固定RNA分析方案中最高的灵敏度。

我们希望能够先对这些肿瘤样本进行储存,在弄清楚了哪些样本最令人感兴趣之后再进行分析。

--转化研究人员

很多时候,样本甚至要到下午4点或5点才能送来。这些项目对我们的员工来说真的很辛苦。

--平台实验室主任

有些时候,我们不得不对很多令人感兴趣的、我们想要分析的样本说不,因为样本管理太麻烦了。

--国际大型制药公司研究人员

正如这些客户所描绘的场景,有时候单细胞实验中最困难的部分是应对样本的管理和制备。新鲜组织提供了其他样本类型无法提供的大量信息,但需要快速处理样本的需求有时会与复杂的实验设计相矛盾。也许您无法在多个地点运行项目,因为运输和物流存在问题。或许您感兴趣的细胞类型很脆弱,在解离或存储后无法存活,或者您希望对多个样本开展批量分析和混样分析,以便降低成本并提高效率。

考虑到这些限制,10x Genomics开发出了一种适用于多聚甲醛(PFA)固定组织的单细胞RNA测序方案。在这篇文章中,您将快速了解这种方案如何帮助您获取更多样本,让您既可以按照计划处理样本,又能够在整个存储和运输过程中维持样本质量,并达到商品化固定RNA分析方案中最高的灵敏度。

扩大样本范围

纵向研究或多队列研究等大型项目提供了更多样本,但物流(远距离采集、长时间运输等)方面却面临着挑战。同样,生物样本库中存有数千个经过固定的存档样本,但在单细胞RNA-seq中使用它们却困难重重。

现在,全新的固定RNA方案可以突破这些限制,帮助您扩大样本范围。样本兼容性扩展到PFA固定的组织和细胞,这带来了更加多样化的组织采集策略。同样,在采集点固定样本可延长存储时间(从几天到几个月),为您提供集中处理(而不是现场处理)的选择,并简化样本运输。

让您有更多时间慢慢考虑

活组织对时间的要求很苛刻,如果您正在采集稀有样本或开展时间点分析,您通常无法决定何时处理、处理多少或处理哪些样本。

相反,经过固定的样本,允许您采集多个样本,将其固定并存储在-20°或-80°C,然后从容决定要对哪些样本进行单细胞测序。这种方法还能够对大量样本进行批量分析和混样分析,从而节省实验室的经费,最大限度提高效率,同时不会影响样本质量。

实际上,这意味着您可以在方便的时候处理样本,并在您喜欢的时候开始(或结束)一天的实验,而不是在样本需要的时候。

锁定样本质量

不仅仅是RNA,组织和细胞异质性的保留对于单细胞RNA-seq也同样重要。然而,由于细胞脆弱、RNase活性高,且生物反应快速,实现这一点本身就是一个挑战。

单细胞基因表达Flex方案让您能够使用固定剂在采集点“锁定”样本的生物学状态,然后使用带条形码的探针模板捕获片段化的RNA(还可选择细胞表面蛋白分析来实现多组学分析)(图1)。这将帮助您在更短的时间内捕获快速而微小的变化,保留在存储和解离条件下无法存活的稀有细胞和/或敏感细胞类型,灭活富含RNase的组织中的RNase,并确保整体的样本质量是稳定的。


图1. 使用带有条形码的探针模板的固定RNA方案概览

为您的实验室创造新的可能性

如果我们能够在现场对样本进行固定,那么就能在不牺牲完整性或数据质量的情况下采集样本并将其运输到远离现场的实验室。这创造了新的可能!

--CRO公司经理

这种固定RNA的方案尽管不能替代新鲜和冷冻组织的实验,但却创造了新的可能性,为您的实验室开辟了新的研究途径。

 

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 仪器云展台 | 实验云展厅 | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 免费试用 | 有奖调研

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号