Cellenion新品释放单细胞蛋白质组学的潜力

【字体: 时间:2022年12月07日 来源:生物通

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  proteoCHIP LF 48是Cellenion公司推出的一种适用于无标记单细胞蛋白质组学分析的样品制备的方案,凭借cellenONE®单细胞分离平台,每个proteoCHIP可制备分离48个单细胞,每次运行可制备144个单细胞,适用于后续无标记的单细胞质谱分析。

正常组织或者疾病/肿瘤组织里的细胞也像大厂员工一样,虽然个个看来相似却各司其职,发挥不同作用。批量、均一化分析是无法参透其中运作机制和关键岗位的具体作用的,需要逐个“侦查”研究才能找出那些导致整体破坏的“变异”和“腐败链”。单细胞分析的重要性已经毋庸置疑。

以10x Genomic为代表,利用各种序列Barcode参入标记、联合高通量测序带来技术上的飞跃,成功实现对组织中成千上万个单细胞进行单细胞转录组分析,使单细胞分析越来越接近“真相”。然而,细胞功能的主要执行者始终是蛋白质,真核细胞在转录后还有丰富的转录本剪接、转录后调控、翻译修饰等调控手段,很多都是转录组分析难以真实反应的。

释放单细胞蛋白质组学的潜力

基于质谱(MS)的蛋白质组学对单细胞的深入表征能推动生物过程的新发现,促使更好地理解疾病机制,揭开被群体批量分析所掩盖的细胞机制。MALDI、ESI、ICP和SIMS等离子源已经在代谢组学、蛋白质组学、离子组学、金属组学和脂质组学等领域证明了其在单细胞分析中的潜力。但是,单细胞质谱方法的应用依然受单细胞样品制备的限制——缺乏完整的自动化解决方案,繁琐的人工处理步骤还会导致整个过程中的重要肽的损失。样品制备流程的改进将加快释放单细胞蛋白质组学的潜力。

proteoCHIP LF 48是Cellenion公司推出的一种适用于无标记单细胞蛋白质组学分析的样品制备的方案,凭借cellenONE®单细胞分离平台,每个proteoCHIP可制备分离48个单细胞,每次运行可制备144个单细胞,适用于后续无标记的单细胞质谱分析。

cellenONE®平台基于图像分离单细胞,确保只分离出感兴趣的单个细胞,并且经过分离得到的单细胞状态还是棒棒哒——保留了细胞活力和基因表达。其实简洁说,原理很简单,就是一台精确的超微量试剂分配(微微升/picoliter到纳升/nanoliter)再加显微镜——细胞悬液装入玻璃毛细管,毛细管尖端置于显微镜前,尖端的分配区(看图,绿线以下)对应每次分配液滴体积,记录图像,根据用户定义多参数进行判断分选,若包含符合要求的单细胞则通过温和的压电声学致动液滴分配到指定区域,其他情况如死细胞、碎片、空白、两个/多个细胞则分配到回收瓶以供回收重处理。看图!一图解百惑。

这个看起来运行通量不算高、没有流式高效啊?嗯,不过,要做无标记的单细胞蛋白质组分析(抗体标记可能导致细胞发生变化),要分离得到的细胞保留细胞活力和基因表达、或者继续培养细胞建系,cellenONE可以,流式并不适合。cellenONE系统的主要优势在于能基于荧光或明场图像进行分选,能够自定义排序参数(形态/荧光),高达100%单细胞/孔精度(无双细胞,无空孔,无碎片),每个细胞可以查看图像记录,方便将表型/形态学信息和组学数据关联,适合细胞数量稀少的分析以及稀有细胞分析。另外cellenONE可以集成II级生物安全柜,为样本制备提供即时视觉反馈,能回收没被选中的细胞进行再处理,尽可能保护珍贵样本。

proteoCHIP LF 48就是在cellenONE平台上为单细胞质谱分析而开发的自动化完整解决方案,能够以无标签的方式实现单个细胞微量化样品制备,以便后继单细胞质谱分析。它能够借助显微镜图像、根据大小/形状/荧光信号等多种参数来选择和分离感兴趣的细胞,每个proteoCHIP有48孔,cellenONE®可同时运行3张芯片,即每次运行可制备144个单细胞。细胞分离后芯片可以直接连接到 LC-MS/MS系统的自动进样器或手动转移到相关容器(例如Evotips)中,大量减少人工处理步骤和污染问题。

你看,虽然原理简单,运行通量也不特别高,但能解决研究中的一个痛点,打开一个限速步骤,就能加快整个探索的步伐,正可谓“无论是一大步还是一小步,都是推动世界前进的脚步。”

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