Twist人甲基化组组合,推动甲基化分析与探索

【字体: 时间:2022年12月07日 来源:Twist Bioscience

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  Twist人甲基化组组合利用123 Mb的基因组靶标来靶向生物学相关的甲基化标志物,覆盖398万个CpG位点。如此丰富的内容使得该组合成为研究人员在各种应用中探索甲基化水平的理想选择,包括癌症转移、人类发育和功能基因组学。

Twist人甲基化组组合利用123 Mb的基因组靶标来靶向生物学相关的甲基化标志物,覆盖398万个CpG位点。如此丰富的内容使得该组合成为研究人员在各种应用中探索甲基化水平的理想选择,包括癌症转移、人类发育和功能基因组学。

该组合经过优化和验证,可以配合Twist甲基化检测系统使用,为您带来一个完整的端对端流程,同时具有更卓越的性能。高捕获效率不但提升了整个表观基因组范围内的检测灵敏度,并且还降低了测序成本。该组合特别适合队列样本的检测和差异甲基化区域的发现。

设计与流程的高效

作为完整的解决方案,Twist 靶向甲基化系统可生成高度复杂和均一的测序片段,供甲基化分析使用。端对端的实验方案,通过融合创新的酶促转化过程、优化的靶向富集流程和高度成熟的组合设计过程以此来实现目标。

Twist 人甲基化组组合的主要优势

更卓越的性能

◇ 优化的性能结合端对端的流程
◇ 复杂度进一步提高的文库
◇ 可灵活添加spike-in内容

与传统芯片相比,覆盖范围更广

◇ CpG位点的覆盖度提高约4倍
◇ 更多地覆盖CpG岛中的碱基
◇ 基于更新的参考数据库

相对于芯片的优势

◇ 差异甲基化区域的检出率更高
◇ 更好地覆盖相邻CpG位点的上游和下游

性能与数据

该组合具有高度靶向性,能够捕获和检测基因组中最新、经过注释且生物学相关的CpG甲基化区域。通过该组合的富集可鉴定出基因组中84%的CpG岛(17,915,988个碱基)。另外它还覆盖了CpG shores、shelves和open sea区域中的105,288,339个碱基及碱基对。

相对于芯片的优势

芯片上的设计是静态内容,可能会阻碍新的感兴趣的表观遗传目标的发现。目前市场上的芯片只能有限地覆盖表观基因组中的甲基化组,导致大部分甲基化CpG位点无法被检测。Twist人甲基化组的靶向富集方法通过杂交捕获组合突破了这些限制,该组合通过NGS平台得到的整个测序片段实现更加扩展的内容和单碱基分辨率。

由于低甲基化情况下的高背景噪声和高甲基化情况下的信号饱和,芯片在甲基化检测的这两种情况下存在固有的限制。Twist人甲基化组组合则受益于NGS带来的更高动态范围,能够更准确地检出差异甲基化区域(DMR),尤其是在低甲基化水平和高甲基化水平下,如下图。

性能指标

Twist人甲基化组组合经过精心设计和实验室优化,可带来准确、灵敏且高性能的杂交捕获效率。在150x原始覆盖度情况下,该组合可以实现90%以上的靶标碱基达到30x及以上的覆盖度,且中靶率高达95%。通过提高低覆盖区域的覆盖度和降低高覆盖区域的覆盖度,该组合在靶标区域范围内具有高均一性,其Fold 80为1.54。在150x原始覆盖度的高测序深度下,<4%的重复率反向表明了高的文库复杂性。整体的捕获效率指标为甲基化水平的检测带来了高度信心,同时最大限度降低了测序成本。

 

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