如何实现准确的单细胞转录本异构体检测?

【字体: 时间:2022年12月08日 来源:基因有限公司

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  PacBio推出的MAS-Seq for 10x Single Cell 3'试剂盒提供了一种端到端解决方案,可用于从样品制备到生物信息学分析的单细胞RNA异构体测序。MAS-Seq文库与常规单细胞Iso-Seq文库相比,可使通量提高16倍。

单细胞RNA测序(scRNA-seq) 能够表征源自复杂组织的单个细胞之间的基因表达差异,提供更高分辨率的转录组信息。大多数单细胞实验都是使用短读长完成的,由于文库必须片段化,所以短读长测序只能捕获分子的各端,测序数据只能在基因水平上提供表达信息,缺少可能对疾病或生物功能十分关键的重要异构体多样性信息。而其他长读长技术识别唯一分子标签 (UMI) 和细胞条形码 (CBC) 的准确率不够。HiFi测序技术的出现不仅能对全长RNA异构体进行测序,还能识别单细胞条形码和UMI信息,在单细胞水平上揭示异构体多样性,让我们以全新方式深入了解单细胞生物学。

PacBio推出的MAS-Seq for 10x Single Cell 3'试剂盒处理单细胞cDNA可以得到一个可用于HiFi测序的文库,您可以实现:

▪ 与常规单细胞Iso-Seq文库相比,MAS-Seq文库可使通量提高16倍。
▪ 从基因表达到获得全长isoform信息
▪ 在单细胞水平上揭示RNA异构体多样性
▪ 揭示细胞类型特异性isoform和表达差异

 

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