未来已至——Covaris 高通量全自动化FFPE核酸提取方案

【字体: 时间:2022年04月18日 来源:基因有限公司

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  现在Covaris 带来了truXTRAC 96高通量FFPE核酸共提自动化工作方案!解决传统提取脱蜡不彻底、核酸质量低、无法提取微量样本、无法自动化的限制!

传统化学脱蜡面临的限制

相信很多人都遇到过提取FFPE核酸样本难脱蜡的情况,有时要重复甚至过夜脱蜡。化学脱蜡属于被动脱蜡,往往脱蜡不彻底,蛋白酶K无法完全进入消化组织解交联,进而影响核酸提取,导致核酸降解、降低核酸质量,也许很多意想不到的基因信息就这么不经意的丢失了。

化学脱蜡使用诸如二甲苯、十六烷基等有毒、易挥发的强有机溶剂脱蜡,需在通风橱中完成,同时引入有机溶剂后需要多次洗涤和完全干燥,使得化学脱蜡难以规模化自动化整合。

AFA聚焦超声脱蜡——脱蜡彻底,可自动化

现在Covaris 带来了truXTRAC 96高通量FFPE核酸共提自动化工作方案!解决传统提取脱蜡不彻底、核酸质量低、无法提取微量样本、无法自动化的限制!

我们先来了解下Covaris 的AFA(Adaptive Focused Acoustics)自动聚焦声波技术,该技术采用高频短波长的医用级别超声波,等温,非接触,超声聚焦作用于样本,精准控制,重复性好。

利用AFA超声处理FFPE样本,可进行积极主动的纳米级超声乳化脱蜡,使裂解液和蛋白酶K能够由内而外、由外向内的全方位无死角侵入组织内部脱蜡乳化,使石蜡组织很快彻底脱蜡和水化,同时优异的温控和无需有机溶剂的温和脱蜡,保障核酸在提取过程不被降解。

Covaris truXTRAC 96高通量FFPE核酸共提自动化工作流程,AFA超声主动脱蜡,无需使用有机溶剂,处理时间短且脱蜡更彻底,可用于微量样本,不仅提高核酸质量和得率,还提高了通量,自动化操作更是进一步减少人为差异,提高重复性,帮助下游获得更高质量的数据。

未来已至——FFPE AFA超声自动化提取

自动化FFPE样品提取工作流程,更高的通量、质量和一致性。下图是一个对于Lynx(动态设备)的自动化布局建议(手动或自动转移)。


高通量FFPE自动化提取自动化工作站布局


Covaris 96高通量自动化FFPE提取方案

Covaris 96高通量自动化FFPE提取工作流程

truXTRAC FFPE Total NA Auto 96试剂盒支持完整的FFPE自动提取工作流程,包括高通量提取工作流程所需的所有试剂、消耗品和配件。方便、省时、省心。

▪ 高通量自动化FFPE样品提取和纯化
▪ 无需刺激性强的有毒有机溶剂
▪ 兼容FFPE蜡卷和微量FFPE样本
▪ 高品质、高得率的核酸提取
▪ 每次可提取96个样本


注:此图中只能看到前排8个truTUBEs.

Covaris 96高通量自动化FFPE提取核酸质量

RNA得率和纯度

荧光定量法(Qubit)检测FFPE组织总RNA提取得率

结果显示:

▪ truXTRAC FFPE total NA Auto 96自动提取和truXTRAC 96 Manual手动提取平行对照,两者得率相当。
▪ Competitor传统提取试剂盒提取的Brain和Breast两种癌组织的RNA得率更低。

230、260和280nm吸光度测定纯度(Nanodrop)

▪ truXTRAC自动提取和手动提取的RNA 260/280和260/230值两者一致,结果都比较好
▪ Competitor传统提取试剂盒提取的RNA纯度不高,260/230值低于0.8
▪ 肺肿瘤样本中260/230比值较低的原因是产率低(浓度低)

RNA可扩增性和分子量

RNA的扩增性(RT-qPCR)是衡量RNA完整性(解交联,平均片段长度)的指标。质量比数量更重要!truXTRAC自动和手工提取的RNA的可扩增性都优于Competitor试剂提取的RNA。

DV200 值是RNA中分子量超过200nt的RNA所占比例。多数情况下可以通过调节binding条件来减少低分子量RNA从而提高DV200值,对于RNA测序,DV200 值大于25%是可以接受的。

DNA得率和纯度

荧光定量法(Qubit)检测FFPE组织总DNA提取得率

▪ truXTRAC FFPE total NA Auto 96自动提取和truXTRAC 96 Manual手动提取平行对照,两者得率相当。
▪ Competitor传统提取试剂盒提取的colon和Breast两种癌组织的DNA得率明显更低。

230、260和280nm吸光度测定纯度(Nanodrop)

▪ truXTRAC自动和手工提取的DNA的260/280 nm和260/230 nm比值与Competitor传统提取试剂盒提取的相似。

DNA可扩增性和分子量

DNA的扩增率用KAPA QC试剂盒检测,通过PCR扩增来检测不同长度扩增子的比例。分数越高说明DNA质量(长度、解交联等)越好。 三种提取方法KAPA QC值相似。

对提取的DNA进行片段分析(片段分析仪)以检测回收的总片段长度。高分子量代表解交联的程度。解交联程度不够很容易在AFA超声片段化DNA时体现出来。

低DNA质量对DNA剪切的影响

可以看到用Competitor传统提取试剂盒提取的DNA进行DNA剪切重复性差。这可能是由于不完全的解交联或洗脱的DNA含有杂质所造成。上图为从脑FFPE组织中提取的DNA AFA超声(Covaris LE220-plus/AFA-TUBE TPX)剪切前和剪切后的片段分析电泳图。

配套设备

truXTRAC FFPE Total Auto 96 Kit 专为您的实验室设计。可以每一步都自动化,或者自动化实验室需要优化的那步。

对于完全集成自动化的流程,您还需要如下设备和试剂:

• Covaris R或L系列聚焦超声仪
• 自动化液体工作站
• 96通道全自动螺旋盖样品管开/关盖仪
• 自动化兼容离心机
• 2台液体集成处理干式加热器
• 无核酸酶水,乙醇,异丙醇

想索取更多资料或了解更多信息,可扫码添加产品经理咨询或联系您身边的基因有限公司员工。

基因有限公司作为Covaris公司中国的合作伙伴和全国代理商,为您提供DNA 片段化、ChIP实验、FFPE样本核酸提取、蛋白提取解决方案等。基因有限公司的宗旨是“专才为专家服务”,有专业团队为各大科研机构提供安装培训,技术支持,应用培训与售后维护一条龙服务,赢得客户的一致好评与信任

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