Nature Cell Biology:癌症研究“SpUR”新数据库

【字体: 时间:2022年05月30日 来源:Nature Cell Biology

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  一个在线工具揭示了非编码序列中基因重组事件的程度。

  
   

New database to "SpUR" on cancer research    

mRNA非编码部分的剪接(用剪刀表示)增强了其从细胞核到细胞质的输出,从而促进了肿瘤细胞中癌基因的表达。


KAUST的科学家开发了一个交互式门户网站,为癌症研究人员提供了一个平台,来研究基因非编码部分的RNA剪接如何促进不同类型肿瘤的生长。

这一名为SpUR(剪接在非翻译区域的简称)的新资源可以在网上免费获得,它详细描述了在蛋白质编码停止信号下游的mRNA非编码区域中常见的1000多个剪接事件。这些事件的位点和表达水平被编目和可视化了10种癌症类型和相应的正常组织的近8000个样本。

有了这个工具,独立的研究团队现在可以进一步探索单个剪接事件在癌症发展和进展中的作用。计算生物科学研究中心代理副主任、KAUST智能健康计划副主任Xin Gao说:“这些事件可能成为学术研究人员研究癌症中RNA失调的候选者。”“或者它们可以作为开发基于rna的抗癌药物的主要来源。”

计算机科学家Gao、博士后Bin Zhang和研究工程师阿迪尔·萨利与新加坡癌症科学研究所的研究人员共同创建了SpUR数据库。

研究表明,在一个基因的下游序列(被称为3 '非翻译区域,或3 ' utr)的剪接在癌症中普遍存在,特别是在与肿瘤侵袭性相关的基因中。因此,癌症中含有更多这种基因重组事件的患者,其生存结果往往较差。

作为原理的证明,研究人员设计了一种被称为反义寡核苷酸(ASOs)的剪接交换剂,可以在3 ' uts上阻止这种剪接过程。当这些药物作用于肝癌细胞时,有助于抑制肿瘤生长。由于相同种类的拼接事件“在不同的癌症类型中普遍表达,”高指出,这种类型的治疗策略“可能有助于开发广谱抗癌药物。”

一个潜在的靶点:CTNNB1,它是一种基因,提供制造一种叫做-连环蛋白的蛋白质的指令。考虑到-连环蛋白在许多癌症信号通路中的核心作用,制药公司长期以来一直试图将其作为目标,但收效有限。Gao和他的合作者的研究表明,CTNNB1 3 ' UTR上的剪接在肝癌、乳腺癌、结肠癌、肾癌、肺癌和其他器官的癌症中广泛存在,剪接变体是肿瘤进展的主要驱动因素。

在肝癌小鼠模型中,阻断这种剪接会导致肿瘤完全消退。因此,针对CTNNB1剪接的ASO疗法可能在患者中有广泛的用途,正如Gao指出的那样,这可能不是唯一的方法。

文章标题

Pan-cancer, pervasive upregulation of 3’UTR splicing drives tumorigenesis.

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