不花钱就能获得的超分辨组织基因表达谱图

【字体: 时间:2022年05月27日 来源:基因有限公司

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  这里我们给大家分享基于超分辨显微成像方法获得的超分辨组织基因表达谱图以及免费获得方法。

空间转录组学是一个快速发展的领域,有望以单细胞或亚细胞分辨率全面表征组织的组成和结构。这些信息为更好的了解健康和疾病状态下的很多生物学过程提供了坚实的基础。

目前存在三种主要的方法对大块组织进行空间探索,并旨在以单细胞或亚细胞分辨率以及转录组规模进行。一种是基于MERFISH( Multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization)技术,通过组合标记、超分辨多轮顺序成像的方法实现成百上千种转录本的检测,精准定位每个基因的每个转录本在组织中的表达并对其进行定量,目前已经有商品化平台(Vizgen公司MERSCOPE™超分辨显微成像分析平台)。

另一种是阵列原位捕获后衔接测序的方法,将空间单元内的所有转录本与已知坐标联系起来,测序后需要软件将转录本映射回它们的空间坐标以绘制空间基因表达谱图。

第三种是针对选定基因进行原位测序(ISS),合成的 cDNA 产物用荧光核苷酸标记并通过成像检测。三种方法各有利弊,这里我们给大家分享基于超分辨显微成像方法获得的超分辨组织基因表达谱图以及免费获得方法。

一、 Vizgen MERFISH Mouse Brain Receptor Map

该数据集包含483个基因的gene panel MERFISH检测。483个基因由典型的脑细胞类型标志、GPCRs以及RTKs组成。小鼠脑组织3个不同部位冠状切片,每个部位3张连续切片共计9张切片。共计分析了734696个细胞,检测出5亿多个转录本。该开放数据集包括所有检测到的转录本、每个细胞矩阵的转录本数量、空间细胞元数据、细胞边界以及DAPI图片。

Nonsensory GPCRs介导信号转导,在老龄化和神经退行性疾病中发挥着重要的功能,但是因其表达丰度较低,GPCRs难以分析。该数据集完整的表征了GPCRs在脑组织中的空间分布和表达,有助于更深入的了解脑组织结构和功能。

MERSCOPE数据亮点:

1. 与基于阵列的平台相比,多检测出70x的转录本,对小鼠GPCRs在小鼠脑组织中的表达谱图的绘制更加精确;

2. 检测到其它空间转录组学技术可能漏检的低表达GPCR基因,如Oxtr、Tshr和Insr 。100nm的空间分辨率不仅可以看到每个转录本在1cm²组织上的空间分布,还能看到在每个细胞内的分布。

3. 可以按照细胞类型绘制基因表达图,以及查看小鼠大脑内受体基因表达模式的变化。

4. MERFISH结果高度可重复。使用MERSCOPE平台得出的结果与bulk-seq基因表达定量结果一致性好。脑切片之间的结果具有高度可重复性。

二、 Vizgen MERFISH Mouse Liver Map

该数据集包含347个基因的gene panel MERFISH检测。该数据集包括检测到的转录本列表、每个细胞矩阵的基因数量、空间细胞元数据、细胞边界和DAPI 图像等。


以上两组数据集获得方式:

https://info.vizgen.com/mouse-brain-data
https://info.vizgen.com/mouse-liver-access

除此之外,MESCOPE平台上还进行了其它的组织样品MERFISH实验测试,如下举例图片仅供浏览。





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