对包括SARS-CoV-2在内的8种全新基因组组装软件工具进行基准测试

一项新的研究比较和评估了八种de novo基因组组装软件工具的实际病毒下一代测序数据。这项研究包括导致COVID-19的SARS-CoV-2病毒的全基因组序列数据。

　　

   

   

图:探讨后基因组学医学、生物技术和全球社会交叉领域的最新进展，包括多组学知识的整合、数据分析和建模，以及研究复杂生物和社会问题的高通量方法的应用。公共政策，管理和社会方面的大规模生物学和21世纪数据支持科学    

一项新的研究比较和评估了8种新创基因组组装软件工具的实际病毒下一代测序数据。这项研究包括导致COVID-19的病毒SARS-CoV-2的全基因组序列数据。

基因组装配是全基因组测序数据分析和了解病毒基因组学的关键步骤之一。已经开发了各种不同的基因组组装软件工具。在本研究中，来自印度微生物技术研究所、科学与工业研究委员会和科学与创新研究学院的合著者Amit Kumar Gupta和Manoj Kumar对病毒下一代测序数据的8个组装器进行了比较评估和基准测试。

研究人员得出结论，“总体而言，三种组装器，即SPAdes、IDBA和ABySS，表现一贯良好，包括对SARS-CoV-2的基因组组装。”他们还建议在病毒下一代测序研究中，尤其是在临床环境中，应该考虑使用两种或两种以上的组装方法。

基因组组装对COVID-19和其他传染性疫情的分子流行病学和临床管理至关重要。基因组组装工具的比较评估一直缺乏来自病毒起源的数据。这项新研究基于SARS-CoV-2、登革病毒3、人类免疫缺陷病毒1、乙肝病毒、西尼罗河病毒等的测序数据，填补了这一知识空白。这一基准是基因组应用于地球健康的一个很好的例子，并为加快临床诊断、药物和疫苗开发的创新开辟了新的可能性。欢迎有关大规模生物学和多组学生态学研究的新稿件在期刊上进行同行评议。