单细胞测序遇到瓶颈？是时候解锁单细胞核测序技术了！

众所周知，群体测序可能会掩盖稀有细胞类型等重要生物学现象，因此越来越多的研究人员转向单细胞测序，以更好地了解单个细胞如何在整个复杂生物学系统中起作用。

其中单细胞转录组测序（scRNA-Seq），在生物及医学研究领域有着非常广泛的应用。但随着研究和应用的深入，其技术局限性也逐渐凸显。总结下来有：scRNA-seq主要适用于新鲜组织样本，而不能用于难解离的组织或冻存组织等；另外，不同类型细胞在解离效率上存在差异，细胞解离过程可能会导致无法有效获取到组织中的所有细胞类型。

那么为了克服这些困难，一个不错的替代策略是使用单细胞核转录组测序（single-nuclei RNA-Seq，snRNA-Seq）。

不同于常规的scRNA-Seq，snRNA-Seq是直接抽提细胞核，并对细胞核进行后续的转录组测序分析。由于不受解离条件的限制，snRNA-Seq的方法拓宽了冻存样本的利用价值，也适合于一些难解离的样本。同时更容易获得更加全面的细胞类型，更好地反应原始组织中的细胞组成和基因表达情况。

不过单细胞核的mRNA含量要低得多，想要获得高品质的测序结果，需要选择合适的技术。Takara的SMART-Seq技术，轻松为您snRNA-Seq分析保驾护航！

■ SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing（SMART-Seq v4）

•灵敏度高的cDNA合成：非常适用于研究1-1000个细胞或10 pg-10 ng 总RNA，可检测更多基因
•支持更深度的挖掘分析：保留全长基因信息，可用于差异表达、融合基因、点突变等的研究
•节约宝贵时间：单管操作流程，减少样品损失与混淆，降低手动操作误差

更多snRNA-Seq应用，请见以下文献的实力测评
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★ 1-题目：A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex
• 发表期刊：Nature
• 发表时间：2021-10-16
• DOI：10.1038/s41586-021-03500-8
• 总结重点：
本实验的研究人员对小鼠初级运动皮层中超过50万个细胞进行了转录组和甲基化组测序，绘制出了超过56种神经元类型。同时开发了计算和统计学方法来整合多模块数据，并对细胞类型的再现性进行定量验证。

本研究共生成9个dataset，包括7个scRNA-seq和snRNA-seq dataset（使用微流控方法和SMART-Seq v4，n= 526,373个细胞），以及1个snmC-seq2 dataset (n= 9,872个细胞)和1个snATAC-seq ?dataset(n= 81,196个细胞)。

其中在进行snRNA-Seq分析时，相较于微流控方法，使用SMART-Seq v4时可以捕获更多unique molecular fragments (100万- 210万个)。

★ 2-题目：Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy
• 发表杂志：Nature Communications
• 发表时间：2021-7-12
• DOI：10.1038/s41467-021-24543-5
• 总结重点：
为了扩展对细胞异质性的了解，本实验的研究人员开发了一种改良的snRNA-seq2技术，可用于对冷冻保存的肝脏样品进行核转录组分析。使用这种新方法，作者描述了具有不同倍性水平的单个肝细胞的转录组。

其中本实验对来源于雄性幼鼠的肝脏组织快速冷冻后进行单核解离，使用SMART-Seq v4进行snRNA-Seq分析。实验表明，最终获得的每个细胞核的reads超过550,000，平均每个细胞核检测到转录本超过11,000个。

■ 拓展产品信息：SMART-Seq v4 PLUS Kit

•不只是一个Kit，更是完整的单细胞建库体验：在包含SMART-Seq v4基础上，整合包含片段化酶的建库模块！
•小投入，大产出，构建更高品质Illumina文库：文库产量和转录本检测数双双飙升！
•高质量的RNA-Seq数据：保留全长基因信息，低rRNA比率，高基因检出数，有效扩增GC-rich转录本！
 
■ 结语
snRNA-Seq的出现，能够弥补scRNA-Seq的局限性，为研究者提供更多的选择。

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