单细胞测序遇到瓶颈?是时候解锁单细胞核测序技术了!

【字体: 时间:2022年07月26日 来源:Takara

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  单细胞核的mRNA含量要低得多,想要获得高品质的测序结果,需要选择合适的技术。Takara的SMART-Seq技术,轻松为您snRNA-Seq分析保驾护航!

众所周知,群体测序可能会掩盖稀有细胞类型等重要生物学现象,因此越来越多的研究人员转向单细胞测序,以更好地了解单个细胞如何在整个复杂生物学系统中起作用。

其中单细胞转录组测序(scRNA-Seq),在生物及医学研究领域有着非常广泛的应用。但随着研究和应用的深入,其技术局限性也逐渐凸显。总结下来有:scRNA-seq主要适用于新鲜组织样本,而不能用于难解离的组织或冻存组织等;另外,不同类型细胞在解离效率上存在差异,细胞解离过程可能会导致无法有效获取到组织中的所有细胞类型。

那么为了克服这些困难,一个不错的替代策略是使用单细胞核转录组测序(single-nuclei RNA-Seq,snRNA-Seq)。

不同于常规的scRNA-Seq,snRNA-Seq是直接抽提细胞核,并对细胞核进行后续的转录组测序分析。由于不受解离条件的限制,snRNA-Seq的方法拓宽了冻存样本的利用价值,也适合于一些难解离的样本。同时更容易获得更加全面的细胞类型,更好地反应原始组织中的细胞组成和基因表达情况。

不过单细胞核的mRNA含量要低得多,想要获得高品质的测序结果,需要选择合适的技术。Takara的SMART-Seq技术,轻松为您snRNA-Seq分析保驾护航!

SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing(SMART-Seq v4)

•灵敏度高的cDNA合成:非常适用于研究1-1000个细胞或10 pg-10 ng 总RNA,可检测更多基因
•支持更深度的挖掘分析:保留全长基因信息,可用于差异表达、融合基因、点突变等的研究
•节约宝贵时间:单管操作流程,减少样品损失与混淆,降低手动操作误差

更多snRNA-Seq应用,请见以下文献的实力测评

★ 1-题目:A transcriptomic and epigenomic cell atlas of the mouse primary motor cortex
• 发表期刊:Nature
• 发表时间:2021-10-16
• DOI:10.1038/s41586-021-03500-8
• 总结重点:
本实验的研究人员对小鼠初级运动皮层中超过50万个细胞进行了转录组和甲基化组测序,绘制出了超过56种神经元类型。同时开发了计算和统计学方法来整合多模块数据,并对细胞类型的再现性进行定量验证。

本研究共生成9个dataset,包括7个scRNA-seq和snRNA-seq dataset(使用微流控方法和SMART-Seq v4,n= 526,373个细胞),以及1个snmC-seq2 dataset (n= 9,872个细胞)和1个snATAC-seq ?dataset(n= 81,196个细胞)。

其中在进行snRNA-Seq分析时,相较于微流控方法,使用SMART-Seq v4时可以捕获更多unique molecular fragments (100万- 210万个)。

★ 2-题目:Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy
• 发表杂志:Nature Communications
• 发表时间:2021-7-12
• DOI:10.1038/s41467-021-24543-5
• 总结重点:
为了扩展对细胞异质性的了解,本实验的研究人员开发了一种改良的snRNA-seq2技术,可用于对冷冻保存的肝脏样品进行核转录组分析。使用这种新方法,作者描述了具有不同倍性水平的单个肝细胞的转录组。

其中本实验对来源于雄性幼鼠的肝脏组织快速冷冻后进行单核解离,使用SMART-Seq v4进行snRNA-Seq分析。实验表明,最终获得的每个细胞核的reads超过550,000,平均每个细胞核检测到转录本超过11,000个。

■ 拓展产品信息:SMART-Seq v4 PLUS Kit

•不只是一个Kit,更是完整的单细胞建库体验:在包含SMART-Seq v4基础上,整合包含片段化酶的建库模块!
•小投入,大产出,构建更高品质Illumina文库:文库产量和转录本检测数双双飙升!
•高质量的RNA-Seq数据:保留全长基因信息,低rRNA比率,高基因检出数,有效扩增GC-rich转录本!
 
■ 结语
snRNA-Seq的出现,能够弥补scRNA-Seq的局限性,为研究者提供更多的选择。

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