仅需简单离心即可轻松打断长片段DNA的g-TUBE管,了解下?

【字体: 时间:2022年08月24日 来源:基因有限公司

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  Covaris g-TUBE仅需搭配离心机使用,轻松实现6-20 kb的长片段DNA打断,是三代测序Pacbio等推荐的长片段DNA打断耗材。

随着三代测序技术的发展,其应用越来越广泛。三代测序所构建的文库与二代测序文库不同,往往需要长片段基因组DNA,如10kb、20kb的文库。Covaris g-TUBE仅需搭配离心机使用,轻松实现6-20 kb的长片段DNA打断,是三代测序Pacbio等推荐的长片段DNA打断耗材。

g-TUBE是利用离心力让样品通过红宝石中的小孔,从而使DNA断裂。通过调节离心机的速度来可以选择片段大小,离心机速度会改变通过孔径的流速,从而改变剪切力。通常来说,转速越大,片段越小。

g-TUBE操作过程

g-TUBE管中加入样品,离心再倒转离心即可完成长片段DNA打断!就是如此简单!

优异的剪切效果

图1. 使用g-TUBE搭配离心机对基因组样本进行剪切,以获得6kb、8kb、10kb、20kb的DNA片段。剪切结果经0.5%琼脂糖凝胶以及Agilent 2100检测,结果显示g-TUBE可对DNA进行高质量的剪切,DNA片段紧密分布在指定大小范围内。

高重复性

图2. 18个相同DNA样品,均用g-TUBE在8000 rpm 处理 60s,琼脂糖跑胶结果显示均剪切至10kb左右,表现出良好的重复性。

测序对比结果

图3. 分别用Covaris g-TUBE 和 Hydroshear DNA片段化仪对同一E Coli 基因组DNA 超声打断至10kb,进行2个不同input DNA 量(7.5μg和15μg)的重复。文库构建按照Libraries PacBio RS protocols ,并用PacBio RS 测序。测序结果对比如下,用Covaris g-TUBE打断的基因组样本构建的文库测序无论是从文库产出还是测序覆盖度等方面均远优于Hydroshear 组。

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