Cancer Cell：癌症生物标志物数据缺乏多样性

　　

研究人员9月29日在《癌症细胞》杂志上报告说，高肿瘤突变负荷——在癌细胞内发现的突变数量——可能不能在不同的癌症患者群体中作为一个准确的生物标志物进行概括。研究结果可能对免疫检查点抑制剂(一种免疫疗法)治疗的临床决策具有重要意义。

Dana-Farber癌症研究所和哈佛医学院的Alexander Gusev说:“这项研究发现了在不同人群中作为生物标志物的高肿瘤突变负担(TMB)的潜在技术问题，这在以前没有得到重视。”“对代表性不足人群的生物标志物研究对于确保在精准医疗时代将差异最小化至关重要。”

最近，ICI pembrolizumab获得了美国食品和药物管理局(fda)的批准，用于治疗TMB高的实体瘤。随着TMB被用于临床决策，其对不同现实环境的推广是其作为生物标志物有效性和实用性的先决条件。撇开TMB的准确估计问题，理解TMB作为生物标志物在不同患者队列中的普遍性是至关重要的，因为TMB高临界值主要是在具有欧洲血统的白人患者的研究中建立的。然而，在多大程度上，tmb高分类在不同患者群体中被推广为一种准确的生物标志物，这在很大程度上是未知的。

为了解决这一知识缺口，Gusev和斯隆-凯特琳癌症纪念中心的共同高级研究作者Jian Carrot-Zhang分析了2000多名接受过ci治疗的普通实体瘤类型患者的遗传祖先。他们评估了临床结果，如总生存率和ICI失效的时间。Gusev说:“据我们所知，这是基因祖先、TMB和免疫治疗结果之间相互作用的最大分析。”

在两个独立的临床队列中，来自常用的肿瘤测序组的TMB估计大大将个体过度归类为TMB高组，特别是在非欧洲人。这种偏见在有亚洲或非洲血统的患者中尤为明显。根据结果，tmb高的错误分类预计会影响21%的欧洲血统的患者，相比之下，亚洲或非洲血统的患者分别为37%和44%。

Gusev说:“如果这在一般患者群体中成立，它将对许多患者的治疗选择产生重大影响。”“需要注意的是，这纯粹是一种技术偏见。该研究提出了一种修正肿瘤TMB估计的计算方法，以及一种应该广泛适用的修正计算方法。”

作为概念验证，作者接下来将他们的TMB再校准方法应用于pci治疗的非小细胞肺癌患者。tmb高分类仅在欧洲血统中与改善预后显著相关，因此在非欧洲血统人群中得到验证。Gusev说:“这并不意味着TMB不应该被用作非欧洲血统个体的生物标志物，但它确实意味着需要更多的研究和数据收集，以确定用于优化治疗结果的精确阈值。”“我们也希望这强调了评估生物标志物在不同人群中的准确性的更广泛的重要性。”

进一步的分析显示，MGA基因的改变与欧洲人更长的总生存期和ICI失效时间有关，与非洲人的结果无关，与亚洲人更糟糕的结果相关。Gusev说:“我们观察到一些个体驱动基因的祖先特异性效应，这表明这种现象可能不是TMB独有的，但也适用于个体突变，并对其他靶向治疗有影响。”

研究的一个重要局限性在于，两组研究中非欧洲人的样本量都很小。Gusev说:“从这些人群中加速收集数据和结果是至关重要的，这样我们才能更好地了解TMB和其他生物标志物如何有效地推广到所有患者。”“样本量限制了我们研究更多癌症类型、个体基因组改变和更多人群特异性颗粒效应的能力——所有这些都可能产生重要的额外见解。”

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对免疫检查点抑制剂的肿瘤突变负担和不同临床结果的祖先驱动的再校准