Vizgen又发布新的预制基因Panel

MERSCOPE®️ MERFISH超分辨率显微成像分析平台基于其100nm分辨率，1cm2大的组织区域，高度多重的基因检测能力（高达1000种基因及多种蛋白的同时检测），以及单分子检测的灵敏度等技术优势，可以实现真正意义上的原位单细胞空间转录组分析，让基因的表达和定位可视化，可鉴定一些新的细胞亚类、分析细胞间的互作，从而广泛应用于肿瘤学、免疫学、神经生物学、感染性疾病、发育生物学＆再生医学、药物开发、细胞和基因治疗等多个研究领域。

导读

单细胞原位空间转录组研究为复杂生物学提供了强大的见解，但建立全面的感兴趣的基因panel需要生物信息学的专业知识和大量的时间投入，为解决基因panel设计难题，Vizgen公司除了可完全定制基因panel外，还开发了预制的基因panel，以更快速地启动MERFISH实验。

在之前的推送中已经发布了预制人肿瘤通路基因panel以及预制小鼠神经细胞类型基因panel，《单细胞原位空间转录组研究：谁家还没个预制panel！》。近日，Vizgen公司发布了两种新的预制基因panel，分别是人免疫-肿瘤预制panel和肝癌-免疫图谱预制Panel。

预制Panel

一、人免疫-肿瘤预制panel

人免疫-肿瘤的预制基因panel是参考公认的Hallmarks of Cancer数据库和已发表的前沿文献进行设计，包含500个基因，是对癌症免疫反应相关的关键基因，包括细胞类型相关基因，细胞因子信号转导相关基因以及免疫检查点分子基因等，兼容人类乳腺癌、肺癌、肝癌、前列腺癌、结肠癌、黑色素瘤、卵巢癌和脑癌8种不同人的癌症样本，可适用于新鲜冷冻、固定冷冻、培养的细胞和FFPE组织类型，以识别主要免疫细胞类型和亚型，表征肿瘤微环境中复杂的肿瘤免疫系统的相互作用关系。

表1：免疫-肿瘤预制基因panel中包含的部分基因集和基因列表。

二、人肝癌-免疫图谱预制panel

人肝癌-免疫图谱的预制基因Panel是Vizgen公司与Mount Sinai Miriam Merad团队联合开发，参考了今年6月份发表在Nature Medicine上的文章“Intratumoral dendritic cell - CD4+ T helper cell niches enable CD8+ T cell differentiation following PD-1 blockade in hepatocellular carcinoma”中使用的基因Panel，包含400个基因，包括用于识别免疫细胞和免疫细胞状态的基因以及在肝细胞癌患者中PD-1阻断的应答者与非应答者中差异表达的大量基因等，可适用于新鲜冷冻、固定冷冻、培养的细胞和FFPE组织类型，以进行细胞聚类,解析肝肿瘤和免疫细胞亚型，探索细胞功能，研究肝癌微环境、免疫图谱等。

基于人免疫-肿瘤预制panel的高质量MERFISH数据

Vizgen公司基于人免疫-肿瘤的500个基因的预制panel通过MERSCOPE®️平台对来自8种不同的人肿瘤样本的16张组织切片进行MERFISH实验，共检测到40亿多个转录本、分析了接近900万个细胞。

一、MERSCOPE®️ FFPE工作流程具有高度的灵敏度、准确性和可重复性

图1A显示两张人卵巢癌组织切片MERFISH结果相关系数0.99；1B显示人卵巢癌组织切片MERFISH结果与Bulk RNAseq结果相关系数0.82；1C显示8种肿瘤组织MERFISH结果与Bulk RNAseq结果相关系数在0.7至0.82之间，呈现出较好的一致性。

二、MERSCOPE®️细胞分割工作流程可在致密组织中实现真正的细胞图谱分析

图2A显示人肝癌组织切片的细胞边界染色，红色显示的为胞膜，蓝色显示的为胞核；图2B多边形用以显示不同的细胞边界；2C显示鉴定出的17种不同的细胞类型的UMAP图；2D显示2B图框选区域中细胞类型的空间分布；2E显示2B图框选区域中成纤维细胞的空间分布；2F显示2B图框选区域中内皮细胞的空间分布。

三、人类乳腺癌中特定基因的空间分析

图4A显示ACTA2(绿色)、CD3D(红色)、LGR5(浅绿)、MKI67(品红)以及PECAM1 (蓝)五种基因表达的空间分布；4B显示4A图中框选区域的放大图；4C显示4B图框选区域的放大图。

四、人类乳腺癌样本的细胞类型鉴定和图谱绘制

图5A显示基于MERFISH数据鉴定出的人乳腺癌组织切片中的14种不同细胞类型；5B显示14种不同细胞类型的空间分布；5C显示5B图框选区域放大后显示细胞类型的空间分布；5D显示5C图框选区域放大后显示表达COL1A1的两种成纤维细胞(成纤维细胞1绿色显示，成纤维细胞2红色显示)，而仅在成纤维细胞2中特异性表达扩增标志物MKI67；5E图显示每种细胞类型特异性marker基因的表达。

五、MERSCOPE®️表征肿瘤微环境中的免疫细胞类型

图6A显示对T细胞和NK细胞进行亚聚类分析得到的7种不同的免疫细胞亚型；6B显示每种细胞类型特异性表达的marker基因；6C和6D分别显示Treg细胞以及CD4阳性T细胞乳腺癌组织中的空间分布；6E显示CD4(绿)、CD8A(蓝)、FOXP3(红)、NCR1(黄)以及CTLA4(白)几个基因的空间分布。注意FOXP3阳性的Treg细胞里面表达T细胞衰竭marker CTLA4，黄色箭头所示为NK细胞。

MERSCOPE®️预制基因panel提供了一种功能强大、快速可用的方法来识别和鉴定样本中的细胞类型，并探索它们的细胞空间分布和细胞相互作用。与定制panel相比，预制基因panel有如下优势：

 科学稳健的gene list：基于同行发表的高影响力文献和高度引用的数据库精挑细选

 缩短MERFISH实验周期：无需客户自己花大量时间筛选基因，预制panel货期更短

 价格更加优惠：预制基因panel做同样样本数量，价格比定制化基因panel更便宜

 有大小包装：用户可根据实际样本数量选择使用，避免不必要的浪费

获取链接

人免疫肿瘤预制panel详情点击：

https://info.vizgen.com/io-panel

2021年，Vizgen率先将整合了MERFISH与超分辨率成像技术的MERSCOPE®️分析系统推向市场。基于核心技术MERFISH技术，MERSCOPE™可在1天内对1cm2的组织进行超分辨成像，分辨率100nm，定位单细胞中RNA的空间分布以及定量基因表达。实现真正意义上的原位单细胞空间转录组分析，让基因的表达和定位可视化，推动基因组学的研究步入下一代。

基因有限公司于2022年3月正式签约成为美国Vizgen公司MERSCOPE®️超分辨显微成像分析系统在中国区的合作伙伴。负责该仪器的售前技术咨询、售后安装培训、应用支持等工作。同时，上海贝晶生物技术有限公司也提供MERFISH技术服务。

想要了解关于更多有关MERFISH的技术信息，可添加下方微信。

关于基因

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