Covaris R230桌面型高通量自动化整合聚焦超声系统——解锁NGS领域更多功能

Covaris AFA系列聚焦超声系统因其在DNA剪切中准确稳定的表现，得到了全球先进的基因组研究中心和主要测序平台供应商的一致推荐，是目前NGS测序平台的标准配套设备。

不仅如此，近年来，Covaris 聚焦超声系统又在蛋白质组学研究领域大放异彩。作为AFA 聚焦超声的首批用户，蛋白质组学研究领域的大神级人物Matthias Mann教授表示，使用Covaris 进行蛋白样品前处理，会使整个实验流程更顺畅、更高效。

Covaris公司一直致力于研发基于声学、机械学及分子生物学的高性能组织样本处理系统，其相关产品线从低通量到高通量、从低功率到高功率，旨在更好地服务高通量NGS和微量蛋白质组学客户。今天要给大家分享的是Covaris家族全新一代聚焦超声系统——R230。

技术革新

▪ 紧凑型AFA-Revolution R230，专为实验室现有液体处理解决方案所设计，匹配实验室现有液体处理装置，帮助您实现更好的工作流程效率、全自动化和标准化的样品制备流程。

▪ AFA能量学独特的扫描聚焦超声方式与精确控制给样品制备标准化带来更多的可能性。

▪ 配合使用AFA-TPX孔板，R230可批量处理多达96个样品，为高通量NGS前处理提供真正的自动化解决方案。

▪ 全新的工业化设计，简洁美观；可独立使用也可与自动化设备无缝整合；小巧的体积可以放置在液体工作站板位上。

下面一起来看下R230的应用实例，帮您更好的了解它的出色表现：

NGS领域

荷兰内梅亨大学医学中心人类遗传学系基因组诊断部门，简称内梅亨基因组技术中心(The Radboud Genome Technology Center，RGTC) 负责内梅亨大学医学中心(Radboud University Medical Center)的所有临床基因检测，是荷兰8个UMC基因检测中心之一，并获得了荷兰认证委员会(RvA)的ISO 15189认证。在2010年底，RGTC成为第一个在临床环境中使用全外显子组测序(WES)的实验室，自那以后，RGTC进行了超过45,000个临床外显子组测序，建立了基因检测的新标准。2017年，RGTC首次建立了一个快速WES工作流程，为重症新生儿患者提供一个周期为5到7天的快速诊断。

RGTC 将Covaris R230聚焦超声系统与液体处理装置Hamilton STARplus相结合，建立了具有高质量测序性能的自动化文库制备平台，实现了手动工作流程向自动化文库制备转变。使用这种自动化文库制备工作流程，RGTC已经能够通过增加样本通量来扩大其临床快速WES服务，保持患者报告的周转时间为5到7天。

 

Covaris R230与液体处理装置Hamilton STARplus整合

(A)96孔移液头，(B)甲板上热循环器和(C) Covaris R230聚焦超声波器在 Hamilton STARplus 上的自动文库制备

使用 R230聚焦超声系统对不同的样品类型进行片段化处理，使用Agilent 4200 TapeStation 高灵敏度 D1000试剂盒进行片段大小分析。在包含不同样品类型和质量的反应中，基因组DNA 剪切平均大小为369bp，CV值为4.9% ，这一结果显示出高度的可重复性和强大的自动化功能（见下图）。

 

16个不同样品的 DNA 片段大小分布图

来自超过10次运行(n = 339个样本)的测序指标显示了使用Covaris片段化样本可生成高质量的测序文库。与此同时，对于没有文库制备偏倚的高质量数据，GC含量应该跨越测序碱基对的40% 至60%。以上样品的平均GC含量为54% ，没有样品由于GC或AT中断而失败。这一结果再次证实Covaris聚焦超声技术无偏好性的片段化能均匀覆盖整个基因组。

 

样本平均覆盖率散点图显示98.2%的样本(333/339)具有80x或更高的覆盖度

基于以上优异的数据表现，RGTC将Covaris R230聚焦超声系统与液体处理装置Hamilton STARplus相结合，建立了具有高质量测序性能的自动化文库制备平台，实现了手动工作流程向自动化文库制备转变。使用这种自动化文库制备工作流程，RGTC已经能够通过增加样本通量来扩大其临床快速WES服务，保持患者报告的周转时间为5到7天。

在这项研究中，与大多数其他已发表或可用的方法相比，利用R230聚焦超声仪同时使用AFA-TUBE PS96孔板处理样本，不仅可以得到稳定、可靠、可重复的数据结果，还确保了更快的周转时间，可以满足每个基因组学实验室高通量的实验需求。

R230文库制备的特点

1、适用各种样本类型

血液、唾液、羊膜、绒毛膜、细胞系、组织和FFPE

2、剪切体积灵活

5至50 μL，且无最低DNA上样量要求

3、微量样本处理

允许在一个管中制备文库，减少转移步骤，更大限度地减少样品损失，是处理珍稀临床和痕量样品的理想方式

4、兼容性

允许同一批次处理不同浓度和缓冲液类型的样品；AFA-TUBE TPX耗材符合ANSI sla板材标准，并与大多数热循环器和金属浴兼容

5、标准化和可靠的剪切

聚焦超声方法(AFA)能量精确可控，剪切稳定，减少QC步骤，消除了批次与批次之间的差异

6、高通量且可自动化整合

96/384孔板的高通量处理，减少动手时间，并允许对接自动化液体工作站

7、样本追踪

自动化的工作流程从头至尾追踪样本，减少了潜在的人为错误