后新冠时期基于污水流行病学的新冠病毒监测

自新冠疫情爆发以来，新冠病毒的监测和防控对中国乃至全球都是巨大的挑战。随着新冠病毒毒力的持续下降，“动态清零”已经成为过去式，新冠病毒迈入了传染病”乙类乙管”阶段，这标志着我们正式进入了后新冠时期。

如何在新形势下精准快速掌握人群中新冠病毒的动态分布与流行特征，及时发现病毒中新的变异株及重要变异位点是新冠疫情监测预警与防控工作的重点和难点！

大量研究证实，新冠病毒可经消化道排到污水中。监测城市污水中新冠病毒的浓度与型别，有助于及早发现新变异株，有效反映新冠病毒在人群中的动态分布与流行特征；与临床监测互补，可了解不同基因型在重症病例及普通人群中的分布差异。

2022年3月24日，国家卫健委发布了《污水中新型冠状病毒富集浓缩和核酸检测方法标准》。

2022年12月27日，国务院联防联控机制综合组印发《新型冠状病毒感染“乙类乙管”疫情监测方案》，方案中明确指出选择有条件的城市布点探索性开展新冠病毒污水监测，采集污水处理厂污水样本开展新冠病毒核酸检测，对阳性样本进行病毒基因测序，动态了解环境样本阳性率和病毒量变化，跟踪污水阳性样本的病毒基因序列变化。

污水新冠病毒监测存在的挑战

基于污水流行病学和SARS-COV-2监测流程图（图片来源于网络）

• 样本的高度异质性

• 新冠病毒载量低

• 病毒高度碎片化

基于污水流行病学的快速污水新冠病毒测序方案

该方案有以下特点：

优化了污水病毒浓缩富集步骤，并可实现自动化；

为适应污水病毒基因组碎片化的特点，建立靶向扩增片段为250-300bp的多重PCR扩增方法，通过MiniSeq进行PE150测序；

可在10小时内完成污水新冠病毒的浓缩富集、核酸提取、序列扩增与高通量测序文库构建；

满足30小时完成从污水样本处理到新冠病毒分析报告全流程操作，为后期开展污水的新冠病毒监测工作提供重要的技术支撑。

检测结果分析

1. 测试不同污水样本Ct值如下所示：

2. 基于多重PCR扩增后测序，各样本的基因组覆盖度如下所示。结果显示各样本都获得较高测序覆盖度（82%-96%）

3. 不同样本的新冠病毒基因型分布及丰度变化如下所示

方案中使用到的污水新冠病毒超灵敏靶向扩增试剂盒（货号CM007）已正式上线，欢迎订购咨询，宋经理，13610197746（微信同号）。更多产品信息，请点击以下链接：https://www.magigen.net/product/34.html。

产品列表