CoDe工具使疫苗开发更快、更准确

德克萨斯生物医学研究所及其合作者开发的一种新的软件工具可以帮助科学家和疫苗开发人员快速编辑病原体的遗传蓝图，使其危害更小。这个被称为CoDe(密码子反优化的缩写)的工具使用户能够对遗传密码进行精确的编辑，以降低基因的功能，换句话说，就是对基因进行反优化。

　　

   

   

CoDe如何工作的一个例子。用户输入他们想要去优化的基因序列，然后CoDe确定哪些核苷酸要改变。

来源:Texas Biomed

德克萨斯州生物医学研究所及其合作者开发的一种新的软件工具，这种工具可以帮助科学家和疫苗开发人员快速编辑病原体的遗传蓝图，以降低它们的危害性。

这个被称为CoDe(Codon Deoptimization，生物通注)的工具使用户能够对遗传密码进行精确的编辑，以降低基因的功能，换句话说，就是对基因进行反优化。

通常，疫苗开发人员希望优化或提高某些基因的表达，有很多软件工具可以帮助实现这一目标。但对于某些类型的疫苗来说，去优化或关闭某些基因是至关重要的，以使疫苗安全有效。

“直到现在还没有工具来帮助反优化，”德克萨斯州生物医学教授Luis Martinez-Sobrido博士解释道，他领导了CoDe背后的团队。

Martinez-Sobrido博士是病毒学和疫苗研发方面的专家。他与马德拉斯印度理工学院的生物信息学专家和西班牙动物研究中心的病毒学家合作构建了CoDe。他们最近在《生物信息学进展》杂志上描述了他们的工具。

降低基因表达可用于广泛的研究，对研制减毒活疫苗尤其重要。这类疫苗包括病毒的全部基因序列，而不仅仅是病毒的一小部分。但该病毒已被减毒，或调整，以不引起疾病。这是一种常用的疫苗平台，已用于流感、天花、黄热病以及腮腺炎、麻疹和风疹。

这类疫苗旨在引起持久、强大的免疫，而且必须将病毒的毒性减弱到足以使其不能恢复到原来的形态。

“有了CoDe，我们可以精确地使单个基因中的数千个核苷酸发生突变，这使得病毒极其难以恢复。”“它还使我们能够调节小片段的基因表达，而不是完全摧毁整个基因。这对疫苗设计和基础研究都非常有帮助。”

用户告诉CoDe要去优化哪个基因序列。该程序可以识别出哪些特定的核苷酸或遗传密码的字母可以改变，从而产生一种有功能但无害的病毒。

该程序的一个巧妙的特点是:它可以自动转换所需的编辑，以减弱为不同物种设计的疫苗。例如，猪、鸡和人的流感疫苗是不同的。

虽然是为病毒设计的，但CoDe可以很容易地适用于其他生物，如细菌。

“科学家们一直在等待这种工具，因为在他们手工完成之前，”德克萨斯州生物医学创新经理Tracey Baas博士解释说。“这将帮助他们更快地进行编辑，并避免因人为错误而出现的潜在错误。”

该工具是受版权保护的，但可以免费提供给学术环境中的其他人使用。有兴趣使用CoDe的商业实体可以联系Baas博士。

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CoDe: a web-based tool for codon deoptimization